Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 146,343 | G→T | 43.2% | T366T (ACC→ACA) | yadC ← | putative fimbrial‑like adhesin protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 146,343 | 0 | G | T | 43.2% | 229.8 / 290.7 | 238 | T366T (ACC→ACA) | yadC | putative fimbrial‑like adhesin protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (68/67); new base T (46/57); total (114/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.33e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 244 total aligned reads displayed.
CTACGTTATCAGGGATAGGTTACCTGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTGGTTGCTAAACCTTCAATGAGTACGCCAACGCCTTTGGCGGCAGTGCTTCCAGTAAGCGTATTACCAAGCA > CP009273/146194‑146491 | aCGTTATCAGGGATAGGTTACCTGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGATgt > 2:3798920/1‑150 (MQ=255) aCGTTATCAGGGATAGGTTACCTGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGgt < 2:1113730/150‑1 (MQ=255) aCGTTATCAGGGATAGGTTACCTGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGgt > 2:3680735/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |