| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,015,451 | T→A | 43.7% | G34G (GGT→GGA) | fliP → | flagellar biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,015,451 | 0 | T | A | 43.7% | 120.7 / inf | 240 | G34G (GGT→GGA) | fliP | flagellar biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (75/60); new base A (55/50); total (130/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
TTTTCAGTCGGTCATGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTGGTTTATTGCGTAACGCGCTGGGAACACCCTCCGCGCC > CP009273/2015302‑2015600 | ttttCAGTCGGTCATGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGt < 1:3701823/150‑1 (MQ=255) tttCAGTCGGTCATGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTg < 1:808135/150‑1 (MQ=255) ttCAGTCGGTCATGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTgg > 2:2079377/1‑150 (MQ=255) tCAGTCGGTCATGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCTTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGa < 2:1491004/150‑1 (MQ=255) tCAGTCGGTCATGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACAGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCggagga > 1:774809/1‑150 (MQ=255) cAGTCGGTCATGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGAc > 1:554826/1‑150 (MQ=255) cAGTCGGTCATGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGAc > 1:3713657/1‑150 (MQ=255) aGTCGGTCATGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTCTCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACa > 1:2963436/1‑150 (MQ=255) ggTCATGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGc > 2:848490/1‑150 (MQ=255) ggTCATGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGAGTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGc < 2:3643990/150‑1 (MQ=255) ggTCATGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCAGTCGCACCTCTCCTTCTATGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTTCCGGGTATAACCACCCATCCGCTGCCAGGCGGTGGACAAAGc > 1:3528771/1‑150 (MQ=255) tGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTc > 1:3111754/1‑150 (MQ=255) tGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTc < 2:2105562/150‑1 (MQ=255) gAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCg > 2:1565913/1‑150 (MQ=255) gAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCg > 2:1566079/1‑150 (MQ=255) aaTTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTcc > 1:2657287/1‑150 (MQ=255) aTTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTccc < 2:2983306/150‑1 (MQ=255) tttGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCg < 1:718480/150‑1 (MQ=255) tGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGt > 2:4045524/1‑150 (MQ=255) gCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTg > 2:2916097/1‑150 (MQ=255) ttAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCa > 1:2258134/1‑150 (MQ=255) tAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAg < 1:1529543/150‑1 (MQ=255) aGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGAc < 2:671185/150‑1 (MQ=255) 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tgtcGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGc < 1:2328548/150‑1 (MQ=255) tgtcGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGc > 2:2485813/1‑150 (MQ=255) tcGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCaa < 1:4074845/150‑1 (MQ=255) cGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAAt > 1:4002664/1‑150 (MQ=255) cTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTAc < 2:2844129/150‑1 (MQ=255) 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ccagccagCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTGGTTTATTGCGTAAcg < 2:2591824/150‑1 (MQ=255) ccagccagCCGCTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTGGTTTATTGCGTAAcg < 2:204272/150‑1 (MQ=255) agccGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTGGTTTATTGCGTAACGCGCTgg < 1:1015212/150‑1 (MQ=255) cGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTGGTTTATTGCGTAACGCGCTGGGaa < 1:4173153/150‑1 (MQ=255) cGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTGGTTTATTGCGTAACGCGCTGGGaa < 1:3052338/150‑1 (MQ=255) cTGCCTGGCGGAGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTGGTTTATTGCGTAACGCGCTGGGAaca < 1:2678846/150‑1 (MQ=255) tGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTGGTTTATTGCGTAACGCGCTGGGAACACCCTc > 1:2027995/1‑150 (MQ=255) | TTTTCAGTCGGTCATGAAAAATTTGCTTAAGCGTAGCGGGAGATCCTGATGCGTCGTTTATTGTCTGTCGCACCTGTCCTTCTCTGGCTGATTACGCCCCTCGCCTTCGCGCAACTGCCGGGTATCACCAGCCAGCCGCTGCCTGGCGGTGGACAAAGCTGGTCGCTCCCGGTGCAGACGCTGGTGTTCATCACCTCGTTGACGTTTATTCCGGCAATTTTACTGATGATGACCAGTTTCACCCGCATCATCATTGTTTTTGGTTTATTGCGTAACGCGCTGGGAACACCCTCCGCGCC > CP009273/2015302‑2015600 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |