| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,102,969 | G→A | 7.0% | L33F (CTT→TTT) | wzxB ← | putative polisoprenol‑linked O‑antigen transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,102,969 | 0 | G | A | 7.0% | 800.4 / 32.1 | 229 | L33F (CTT→TTT) | wzxB | putative polisoprenol‑linked O‑antigen transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (81/131); new base A (8/8); total (89/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
CGTTACTTTATCTTTACTATCTGCTGCTTTGGCAATACTCTGAGTTGCTGTGAGATTGAAACCATATTCAACAAACATTATCATATATAGCATAGTCGCTTGGCAAAAACCGAATATACCGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAGATATGGAAATGTAAGCAATGGTAAAAGATAATTGCTACCTTGAACGACAGCCAGATATATAACGTTTCTTCTTAAAGATAATTTATTCGTATTCATGCAATTAATTTTAATCTGATAAGCTCATCTAACGTAAAGAGCCTTTCATCTT > CP009273/2102820‑2103117 | cGTTACTTTATCTTTACTATCTGCTGCTTTGGCAATACTCTGAGTTGCTGTGAGATTGAAACCATATTCAACAAACATTATCATATATAGCATAGTCGCTTGGCAAAAACCGAATATACCGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAg > 2:381372/1‑150 (MQ=255)cGTTACTTTATCTTTACTATCTGCTGCTTTGGCAATACTCTGAGTTGCTGTGAGATTGAAACCATATTCAACAAACATTATCATATATAGCATAGTCGCTTGGCAAAAACCGAATATACCGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAg < 1:3661701/150‑1 (MQ=255)cGTTACTTTATCTTTACTATCTGCTGCTTTGGCAATACTCTGAGTTGCTGTGAGATTGAAACCATAATCAACAAACATTATCATATATAGCATAGTCGCTTGGCAAAAACCGAATATACCGAAATTTTCAGGACCAAGTGTTCTTACAAg > 2:3621696/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |