Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,121,234 | 0 | C | A | 36.1% | 315.3 / 212.2 | 208 | E188* (GAA→TAA) | gmd | GDP‑D‑mannose dehydratase, NAD(P)‑binding |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (55/78); new base A (39/36); total (94/114) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.49e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 |
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
CTGCATTTTTACGTAGTCTTTGGCGTGGCCCCAGTCACGCAGGGAATCCATATTGCCGAGGTACAGGCACGACTCCAGCCCCTGGGCGATGTTGGCGATTGCGCGGGTGATTTTGCGGGTAACGAAGGTTTCGCCGCGGCGCGGGGATTCATGGTTGAAGAGAATTCCGTTACAGGCGTACATGCCGTAGGATTCACGGTAGTTAACGGTGATCCAGTAGGCGTACAGTTTGGCGACCGCATACGGAGATCGCGGGTAGAACGGCGTGGTCTCTTTCTGCGGAATTTCCTGCACCAGAC > CP009273/2121085‑2121383 | cTGCATTTTTACGTAGTCTTTGGCGTGGCCCCAGTCACGCAGGGAATCCATATTGCCGAGGTACAGGCACGACTCCAGCCCCTGGGCGATGTTGGCGATTGCGCGGGTGATTTTGCGGGTAACGAAGGTTTCGCCGCGGCGCGGGGATTc < 2:1444744/150‑1 (MQ=255) cTGCATTTTTACGTAGTCTTTGGCGTGGCCCCAGTCACGCAGGGAATCCATATTGCCGAGGTACAGGCACGACTCCAGCCCCTGGGCGATGTTGGCGATTGCGCGGGTGATTTTGCGGGTAACGAAGGTTTCGCCGCGGCGCGGGGATTc < 2:2431764/150‑1 (MQ=255) cATTTTTACGTAGTCTTTGGCGTGGCCCCAGTCACGCAGGGAATCCATATTGCCGAGGTACAGGCACGACTCCAGCCCCTGGGCGATGTTGGCGATTGCGCGGGTGATTTTGCGGGTAACGAAGGTTTCGCCGCGGCGCGGGGATTAATg < 1:4087068/150‑1 (MQ=255) tttttACGTAGTCTTTGGCGTGGCCCCAGTCACGCAGGGAATCCATATTGCCGAGGTACAGGCACGACTCCAGCCCCTGGGCGATGTTGGCGATTGCGCGGGTGATTTTGCGGGTAACGAAGGTTTCGCCGCGGCGCGGGGATTCATGGt < 2:3772238/150‑1 (MQ=255) tttttACGTAGTCTTTGGCGTGGCCCCAGTCACGCAGGGAATCCATATTGCCGAGGTACAGGCACGACTCCAGCCCCTGGGCGATGTTGGCGATTGCGCGGGTGATTTTGCGGGTAACGAAGGTTTCGCCGCGGCGCGGGGATTAATGGt > 2:1367533/1‑150 (MQ=255) ttttACGTAGTCTTTGGCGTGGCCCCAGTCACGCAGGGAATCCATATTGCCGAGGTACAGGCACGACTCCAGCCCCTGGGCGATGTTGGCGATTGCGCGGGTGATTTTGCGGGTAACGAAGGTTTCGCCGCGGCGCGGGGATTCATGGtt < 1:190556/150‑1 (MQ=255) gTAGTCTTTGGCGTGGCCCCAGTCACGCAGGGAATCCATATTGCCGAGGTACAGGCACGACTCCAGCCCCTGGGCGATGTTGGCGATTGCGCGGGTGATTTTGCGGGTAACGAAGGTTTCGCCGCGGCGCGGGGATTAATGGTTGAagag > 2:3632303/1‑150 (MQ=255) tAGTCTTTGGCGTGGCCCCAGTCACGCAGGGACTCCATATTGCCGAGGTACAGGCACGACTCCAGCCCCTGGGCGATGTTGGCGATTGCGCGGGTGATTTTGCGGGTAACGAAGGTTTCGCCGCGGCGCGGGGATTCATGGTTGAAgaga > 2:2052450/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |