| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,135,719 | C→A | 9.2% | intergenic (‑23/+69) | dcd ← / ← udk | 2'‑deoxycytidine 5'‑triphosphate deaminase/uridine/cytidine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,135,719 | 0 | C | A | 9.2% | 971.5 / 45.5 | 260 | intergenic (‑23/+69) | dcd/udk | 2'‑deoxycytidine 5'‑triphosphate deaminase/uridine/cytidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (102/134); new base A (11/13); total (113/147) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
TACGAAATTTATTGCCCAGGCGTACATCCACCGTCGCGCCGTTAATACGCTCCACTGGCGGACGTGGGTTGATCGACAAACGGCCTTCATCAAGCCAGGCTTCAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACTCCCTTAACGCCAATTACGTCAAGGGCATACTAGGTTATCACTGAACGGTACACAATTTATCAAGCTTATTCAAAGAACTGACTTATTTTCGCTTTCAATATATCGATCGCGATGCGGTTTTTCCCGCCGCGCGGCACGATAATG > CP009273/2135570‑2135866 | tACGAAAATTATTGCCCAGGCGTACATCCACCGTCGCGCCGTTAATACGCTCCACTGGCGGACGTGGGTTGATCGACAAACGGCCTTCATCAAGCCAGGCTTCAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATc > 1:1217067/1‑150 (MQ=255) cGAAATTTATTGCCCAGGCGTACATCCACCGTCGCGCCGTTAATACGCTCCACTGGCGGACGTGGGTTGATCGACAAACGGCCTTCATCAAGCCAGGCTTCAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCAc < 1:2707775/150‑1 (MQ=255) gAAATTTATTGCCCAGGCGTACATCCACCGTCGCGCCGTTAATACGCTCCACTGGCGGACGTGGGTTGATCGACAAACGGCCTTCATCAAGCCAGGCTTCAATATCTCGGTCACACAGACGCATGGCATTTTCTCCTTTCGCGCATCACt > 2:691846/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |