| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 176,783 | G→T | 54.5% | D354Y (GAT→TAT) | dgt → | deoxyguanosine triphosphate triphosphohydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 176,783 | 0 | G | T | 54.5% | 10.3 / inf | 231 | D354Y (GAT→TAT) | dgt | deoxyguanosine triphosphate triphosphohydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/59); new base T (69/57); total (115/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.59e-01 | |||||||||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
AAGGTTCGCTCTTTTCGCTGGTGGTTGAAAATGCCTGGGAAAAATCACGCTCAAATAGTTTAAGCCGCAGTACGGAAGATCAGTTTTTTATGTATTTACGGGTAAACACCCTAAATAAACTGGTACCCTACGCGGCACAACGATTTATTGATAATCTGCCTGCGATTTTCGCCGGAACGTTTAATCATGCATTATTGGAAGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGCTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGTCGAGCGGCTTGAATTGCAGGG > CP009273/176634‑176931 | aaGGTTCGCTCTTTTCGCTGGTGGTTGAAAATGCCTGGGAAAAATCACGCTCAAATAGTTTAAGCCGCAGTACGGAAGATCAGTTTTTTATGTATTTACGGGTAAACACCCTAAATAAACTGGTACCCTACGCGGCACAACGATTTATTg < 2:1815012/150‑1 (MQ=255)aaGGTTCGCTCTTTTCGCTGGTGGTTGAAAATGCCTGGGAAAAATCACGCTCAAATAGTTTAAGCCGCAGTACGGAAGATCAGTTTTTTATGTATTTACGGGTAAACACCCTAAATAAACTGGTACCCTACGCGGCACAACGATTTATTg > 2:1768486/1‑150 (MQ=255) ggTTCGCTCTTTTCGCTGGTGGTTGAAAATGCCTGGGAAAAATCACGCTCAAATAGTTTAAGCCGCAGTACGGAAGATCAGTTTTTTATGTATTTACGGGTAAACACCCTAAATAAACTGGTACCCTACGCGGCACAACGATttatttat < 1:1327569/150‑1 (MQ=255) 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cccTACGCGGCACAACGATTTAATGATAATCTGCCTGCGATTTTCGCCGGAACTTTTAATCATGCATTATTGGAAGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGTTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGAt < 2:2462961/150‑1 (MQ=255) tACGCGGCACAACGATTTATTGATAATCTGCCTGCGATTTTCGCCGGAACGTTTAATCATGCATTATTGGAAGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGTTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGTc > 2:1246277/1‑150 (MQ=255) tACGCGGCACAACGATTTATTGATAATCTGCCTGCGATTTTCGCCGGAACGTTTAATCATGCATTATTGGAAGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGTTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGTc > 2:3339458/1‑150 (MQ=255) aCGCGGCACAACGATTTATTTATAATCTGCCTGCGATTTTCGCCGGAACGTTTAATCATGCATTATTGGAAGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGCTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGTCg < 2:2789365/150‑1 (MQ=255) cgcgGCACAACGATTTATTGATAATCTGCCTGCGATTTTCGCCGGAACGTTTAATCATGCATTATTGGAAGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGTTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGTCGa > 2:1412963/1‑150 (MQ=255) 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tATTGATAATCTGCCTGCGATTTTCGCCGGAACGTTTAATCATGCATTATTGGAAGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGTTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGTCGAGCGGCTTGAATTGCa > 1:1183968/1‑150 (MQ=255) tGATAATCTGCCTGCGATTTTCGCCGGAACGTTTAATCATGCATTATTGGAAGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGTTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGTCGAGCGGCTTGAATTGCAggg > 1:1496815/1‑150 (MQ=255) | AAGGTTCGCTCTTTTCGCTGGTGGTTGAAAATGCCTGGGAAAAATCACGCTCAAATAGTTTAAGCCGCAGTACGGAAGATCAGTTTTTTATGTATTTACGGGTAAACACCCTAAATAAACTGGTACCCTACGCGGCACAACGATTTATTGATAATCTGCCTGCGATTTTCGCCGGAACGTTTAATCATGCATTATTGGAAGATGCCAGCGAATGCAGCGATCTTCTTAAGCTATATAAAAATGTCGCTGTAAAACATGTGTTTAGCCATCCAGATGTCGAGCGGCTTGAATTGCAGGG > CP009273/176634‑176931 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |