Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,163,087 | C→A | 33.0% | R299S (CGT→AGT) | yegS → | phosphatidylglycerol kinase, metal‑dependent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,163,087 | 0 | C | A | 33.0% | 420.3 / 217.0 | 239 | R299S (CGT→AGT) | yegS | phosphatidylglycerol kinase, metal‑dependent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (88/72); new base A (39/40); total (127/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.39e-01 |
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
AAGGCGCTTCGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGAC > CP009273/2162941‑2163231 | aaGGCGCTTCGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGtt < 1:2816078/150‑1 (MQ=255) aaGGCGCTTCGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGtt > 2:2200391/1‑150 (MQ=255) aGGCGCTTCGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTa > 1:2730459/1‑150 (MQ=255) 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atatTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGa > 2:3052541/1‑150 (MQ=255) atatTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGAGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGa > 1:2646832/1‑150 (MQ=255) tatTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGaa < 2:3980074/150‑1 (MQ=255) cAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAg > 2:1777702/1‑150 (MQ=255) cAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAg > 2:2861485/1‑150 (MQ=255) 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cTGTTGAGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGa > 1:3992493/1‑150 (MQ=255) tGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGac < 1:1618217/150‑1 (MQ=255) | AAGGCGCTTCGTCGTGGTTTGATATTCAGGCACCACACGACATCACCTTTAATCTTGATGGCGAACCGTTGAGTGGGCAAAATTTTCATATTGAAATACTTCCGGCAGCGTTGCGTTGTCGATTACCACCAGATTGTCCACTGTTGCGTTAATCAAACTATTCTCTCTTGAACCAGGGAGAATCCGTAATGCCGGATGCGGTGTAAACACCTTATCCGGCATACAGAACAATACTACACCGTAATTAATTTTACCCGCGTCTTCTGCAATGCCAGTTTATCCACCTCTGAC > CP009273/2162941‑2163231 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |