| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,235,258 | G→A | 11.5% | intergenic (‑111/+31) | galS ← / ← yeiB | galactose‑ and fucose‑inducible galactose regulon transcriptional isorepressor; mgl operon transcriptional repressor; autorepressor/DUF418 family putative inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,235,258 | 0 | G | A | 11.5% | 915.1 / 80.5 | 286 | intergenic (‑111/+31) | galS/yeiB | galactose‑ and fucose‑inducible galactose regulon transcriptional isorepressor; mgl operon transcriptional repressor; autorepressor/DUF418 family putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (114/139); new base A (15/18); total (129/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
GACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTGTCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGAGCCATTCCACCGGCCCCTGGCGGAAGTAACGCAGCCAGATAACAGAGAAGAGGATATTCG > CP009273/2235109‑2235407 | cGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTGTCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGcc < 1:4012413/150‑1 (MQ=255) cGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTGTCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGCCACAGCAATGGAAACGGTTACAGcc < 1:57399/150‑1 (MQ=255) cAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTGTCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAACCGtt > 2:3360564/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |