| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,306,671 | C→T | 6.5% | intergenic (+16/‑296) | micF → / → rcsD | sRNA antisense regulator affecting ompF expression, Hfq‑dependent/phosphotransfer intermediate protein in two‑component regulatory system with RcsBC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,306,671 | 0 | C | T | 6.5% | 932.5 / 32.1 | 260 | intergenic (+16/‑296) | micF/rcsD | sRNA antisense regulator affecting ompF expression, Hfq‑dependent/phosphotransfer intermediate protein in two‑component regulatory system with RcsBC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (114/128); new base T (5/12); total (120/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
TGTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATAACTCCCGCTATCATCATTAACTTTATTTATTACCGTCATTCATTTCTGAATGTCTGTTTACCCCTATTTCAACCGGATGCCTCGCATTCGGTTTTTTTTACCCTTCTTTACACACTTTTCATTATTCTGTGCTACCACAGAAAAACTATAACGCTTGTTAACTATTTCACAAATAATTAACATCCGCATAATTTCCAGCAATCTTTGTTTATTTGCAATTATTTTTGTTGGGCTTTTTGTAGGTTATTTGTACAGCAAAATGGC > CP009273/2306523‑2306820 | tGTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATAACTCCCGCTATCATCATTAACTTTATTTATTACCGTCATTCATTTCTGAATGTCTGTTTACCCCTATTTCAACCGGATGCCTCGCATTCGGTTTTTTTTACCCTTCTTTACACACt < 2:3500960/150‑1 (MQ=255)tGTCAAAACAAAACCTTCACTCGCAACTAGAATAACTCCCGCTATCATCATTAACTTTATTAATTACCGTCATTCATTTCTGAATGTCTGTTTACCCCTATTTCAACCGGATGCCTCGCATTCGGTTTTTTTTACCCTTCTTTACACACt > 1:902499/1‑150 (MQ=255) caaaacaaaaCCTTCACTCGCAACTAGAATAACTCCCGCTATCATCATTAACTTTATTTATTACCGTCATTCATTTCTGAATGTCTGTTTACCCCTATTTCAACCGGATGCCTCGCATTCGGTTTTTTTTACCCTTCTTTACACACtttt < 1:3756492/150‑1 (MQ=255) 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caaaacCTTCACTCGCAACTAGAATAACTCCCGCTATCATCATTAACTTTATTTATTACCGTCATTCATTTCTGAATGTCTGTTTACCCCTATTTCAACCGGATGCCTCGCATTCGGTTTTTTTTACCCTTCTTTACACATTTTTCatta > 1:2026771/1‑150 (MQ=255) caaaacCTTCACTCGCAACTAGAATAACTCCCGCTATCATCATTAACTTTATTTATTACCGTCATTCATTTCTGAATGTCTGTTTACCCCTATTTCAACCGGATGCCTCGCATTCGGTTTTTTTTACCCTTCTTTACACACTTTTCatta > 1:987590/1‑150 (MQ=255) aaaacCTTCACTCGCAACTAGAATAACTCCCGCTATCATCATTAACTTTATTTATTACCGTCATTCATTTCTGAATGTCTGTTTACCCCTATTTCAACCGGATGCCTCGCATTCGGTTTTTTTTACCCTTCTTTACACACTTTTCattat > 1:1439508/1‑150 (MQ=255) cACTCGCAACTAGAATAACTCCCGCTATCATCATTAACTTTATTTATTACCGTCATTCATTTCTGAATGTCTGTTTACCCCTATTTCAACCGGATGCCTCGCATTCGGTTTTTTTTACCCTTCTTTACACACTTTTCATTATTCTGTGCt > 2:732104/1‑150 (MQ=255) aCTCGCAACTAGAATAACTCCCGCTATCATCATTAACTTTATTTATTACCGTCATTCATTTCTGAATGTCTGTTTACCCCTATTTCAACCGGATGCCTCGCATTCGGTTTTTTTTACCCTTCTTTACACACTTTTCATTATTCTGTGCTa < 1:1768390/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |