| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,399,210 | G→T | 100% | S304* (TCA→TAA) | lrhA ← | transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,399,210 | 0 | G | T | 99.6% | 902.8 / ‑3.9 | 256 | S304* (TCA→TAA) | lrhA | transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (143/112); total (143/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
TGTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATGAATCATCCCCTTCCGGAGCAGACATTGGGCTGTATTGCCACGGATTATGGTAGCTCTCCATCGCCTGATAGATCACCTGGGCCAGCTCATTATTACTGGACGGATCATAGCACAGCAAATATTCGGTATCAGGTAGCGGCGGTAAG > CP009273/2399063‑2399356 | gTACGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAATCAACAATTAat < 1:12053/150‑1 (MQ=255) aCGTTCTGCAATATGCGATGAATGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCTATCGTACGTCGATTACTCGATATCCCTTTCAAGCAACAATTAatca < 2:2955828/150‑1 (MQ=255) cGTTCTGCACTATGCGATGAAGGATTTTTACTAAAAAAAAGCCGCTGGGGTTTAAAACACCCCCAGCGGCTCGTTTTTTACACTATTGTCTCAGGAATTATCGATCGTCCGTCGATTACTCGATATCCCTTTAAATAAACAATTAatcat > 2:2845355/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |