| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,453,358 | G→T | 7.4% | I197I (ATC→ATA) | fadI ← | beta‑ketoacyl‑CoA thiolase, anaerobic, subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,453,358 | 0 | G | T | 7.4% | 941.1 / 33.3 | 243 | I197I (ATC→ATA) | fadI | beta‑ketoacyl‑CoA thiolase, anaerobic, subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (125/100); new base T (8/10); total (133/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
TACCGCGAATATTGTTGTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGCTACCGCAGGTGGTACGGGCATTAAGTCGCGCAAACGCAGGCGAGAGAAGAGTTTCAGTCGCTGGCTCATGGTACGAGCTTTGT > CP009273/2453210‑2453506 | tACCGCGAATATTGTTGTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGa > 2:1489004/1‑150 (MQ=255)tACCGCGAATATTGTTGTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGa > 2:3585084/1‑150 (MQ=255)tACCGCGAATATTGTTGTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGa > 2:2463773/1‑150 (MQ=255) 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aaTATTGTTGTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATACCGTa > 1:1858338/1‑150 (MQ=255) aaTATTGTTGTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCCGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTa < 1:4024983/150‑1 (MQ=255) tatTGTTGTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAgg > 2:3942019/1‑150 (MQ=255) atTGTTGTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGt > 1:715518/1‑150 (MQ=255) atTGTTGTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGGAGGt > 2:3776637/1‑150 (MQ=255) 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gTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGCTACCGCAGGTGGTACGGGCATTAAGTCGCGCAAACGCAGGCGAGAGAAGAGTTTCAGTCGCTGGCTCATGGTACGAGCTttg > 1:1229953/1‑150 (MQ=255) tGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGCTACCGCAGGTGGTACGGGCATTAAGTCGCGCAAACGCAGGCGAGAGAAGAGTTTCAGTCGCTGGCTCATGGTACGAGCTttgt < 1:123957/150‑1 (MQ=255) | TACCGCGAATATTGTTGTCTTCGACAAGCGGTTGTTTATAAGGAGGGATAAAGGCAGTCATCACCTCTTCTTTGAGTTTTCCGTCTGACCATGCCTGAGCGGCACGCTGATGCGAACGGTGCGCTAATGCATCTTGCTGTTCTCGGGTGATGCCGTAGGTTTTCGCCATTTGCTCTGCGGTGTCGCCCATCCGCAAGCCGGTAGAATATTCTGCTACCGCAGGTGGTACGGGCATTAAGTCGCGCAAACGCAGGCGAGAGAAGAGTTTCAGTCGCTGGCTCATGGTACGAGCTTTGT > CP009273/2453210‑2453506 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |