| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,466,183 | G→T | 12.9% | H60N (CAT→AAT) | yfdN ← | CPS‑53 (KpLE1) prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,466,183 | 0 | G | T | 12.9% | 816.3 / 66.7 | 238 | H60N (CAT→AAT) | yfdN | CPS‑53 (KpLE1) prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (105/102); new base T (20/11); total (125/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
GCCCCTGGACTCCAGTTCTTCCGCCTGGCGGGTCAGGCACAAAATCACCCGCGGGTCGTTAGTGCCGACATAGAAATTGCGCACAGGTCTGGTTTCACGAACTGGTTGTGGTTCCGGATCCTGCGCTCTCTCAGTCAGGCGCGGGAAATGTCTGTGTGTATCTCCTTCACAACGGTGAGCCACACGCCCACTCTGACGTAACTTGCTTGCTGACTGCAGAACGCGCTGCCGTGAGTAACCTGCAAAAGCATCCGCAATGTCTCCGGAAGTACAGCCCGGATGGGCTTCAATGAATTTCT > CP009273/2466034‑2466332 | gCCCCTGGACTCCAGTTCTTCCGCCTGGCGGGTCAGGCACAAAATCACCCGCGGGTCGTTAGTGCCGACATAGAAATTGCGCACAGGTCTGGTTTCACGAACTGGTTGTGGTTCCGGATCCTGCGCTCTCTCAGTCAGGCGCGGGAAATg < 2:442404/150‑1 (MQ=255)gCCCCTGGACTCCAGTTCTTCCGCCTGGCGGGTCAGGCACAAAATCACCCGCGGGTCGTTAGTGCCGACATAGAAATTGCGCACAGGTCTGGTTTCACGAACTGGTTGTGGTTCCGGATCCTGCGCTCTCTCAGTCAGGCGCGGGAAATg < 2:2522957/150‑1 (MQ=255) cccTGGACTCCAGTTCTTCCGCCTGGCGGGTCAGGCACAAAATCACCCGCGGGTCGTTAGTGCCGACATAGAAATTGCGCACAGGTCTGGTTTCACGAACTGGTGGTGGTTCCGGATCCTGCGCTCTCTCAGTCAGGCGCGGGACATGTc > 2:2313983/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |