Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,475,340 | G→T | 7.1% | L106I (CTT→ATT) | emrY ← | putative multidrug efflux system |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,475,340 | 0 | G | T | 7.1% | 942.8 / 28.1 | 246 | L106I (CTT→ATT) | emrY | putative multidrug efflux system |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (124/104); new base T (9/9); total (133/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.08e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
CGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAAAAGTGACTGAAAGTAAAAATAATCTTAATTCGCCTATTCTTTGTGCCAACCTGCCAGTAACAGGGATCGCAATGGCATTTGCTACACCAAACGAGGTGATAACCCAGG > CP009273/2475191‑2475489 | ggAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGa > 2:3415186/1‑150 (MQ=255) aGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGAtt > 1:1306654/1‑150 (MQ=255) aaTCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGa > 1:1020894/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |