| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,503,813 | A→C | 5.0% | A235A (GCA→GCC) | yfeO → | putative ion channel protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,503,813 | 0 | A | C | 5.0% | 895.5 / 34.7 | 279 | A235A (GCA→GCC) | yfeO | putative ion channel protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (140/125); new base C (2/12); total (142/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.36e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
CTCTTTGCGCCGTTAATGGCGGCAGCAGCTGGTGCACTTACTACCGGATTATTTTTCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCATTACGGACAGATGGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCGCAGCAGGGATGGTCGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGG > CP009273/2503664‑2503961 | ctctTTGCGCCGTTAATGGCGGCAGCAGCTGGTGCACTTACTACCGGATTATTTTTCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCATTACGGACAGATGGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCgca > 2:3196298/1‑150 (MQ=255) tctTTGCGCCGTTAATGGCGGCAGCAGCTGGTGCACTTACTACCGGATTATTTTTCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCATTACGGACAGATGGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCgcag > 2:543818/1‑150 (MQ=255) ctTTGCGCCGTTAATGGCGGCAGCAGCTGGTGCACTTACTACCGGATTATTTTTCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCATTACGGACAGATGGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCgcagc > 1:2689245/1‑150 (MQ=255) 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ttAATGGCGGCAGCAGCTGGTGCACTTACTACCGGATTATTTTTCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCATTACGGACAGATGGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCGCAGCAGGGATGGTc > 2:359456/1‑150 (MQ=255) tAATGGCGGCAGCAGCTGGTGCACTTACTACCGGATTATTTGTCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCATTACGGACAGATGGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCGCAGCAGGGATGGTCg < 1:3870177/150‑1 (MQ=255) aTGGCGGCAGCAGCTGGTGCACTTACTACCGGATTATTTTTCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCATTACGGACAGATGGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCGCAGCAGGGATGGTCGcc < 1:2249739/150‑1 (MQ=255) tGGCGGCAGCAGCTGGTGCACTTACTACCGGATTATTTTTCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCATTACGGACAGATGGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCGCAGCAGGGATGGTCGCCg < 2:1031653/150‑1 (MQ=255) ggcAGCAGCTGGTGCACTTACTACCGGATTATTTTTCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCATTACGGACAGATGGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCGCAGCAGGGATGGTCGCCGTATg > 1:836832/1‑150 (MQ=255) 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ttattTTTCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCATTACGGACAGATGGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCGCAGCAGGGATGGTCGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGatgatg < 2:1836173/150‑1 (MQ=255) ttattTTTCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGATCATTACGGACAGATTGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCGCAGCAGGGATGGTCGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGatgatg < 1:3106756/150‑1 (MQ=255) attTTTCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCATTACGGACAGATGGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCGCAGCAGGGATGGTCGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCa < 1:2849626/150‑1 (MQ=255) tCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCATTACGGACAGATGGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCGCAGCAGGGATGGTCGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCaaa > 1:3735671/1‑150 (MQ=255) ccATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCATTACGGACAGATGGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCGCAGCAGGGATGGTCGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAAt > 1:3271606/1‑150 (MQ=255) 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tGTCGCGGCGATTGCCATCGCAGCAGGGATGGTCGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGt > 2:2408716/1‑150 (MQ=255) cgcgGCGATTGCCATCGCAGCAGGGATGGTCGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGTTTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTc < 2:594742/150‑1 (MQ=255) cgcgGCGATTGCCATCGCAGCAGGGATGGTCGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTc < 1:3966503/150‑1 (MQ=255) cggcgATTGCCATCGCAGCAGGGATGGTCGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGc > 2:19630/1‑150 (MQ=255) ggcgATTGCCATCGCAGCAGGGATGGTCGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCt > 2:3370616/1‑150 (MQ=255) aTTGCCATCGCAGCAGGGATGGTCGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGttt > 2:2930705/1‑150 (MQ=255) ttGCCATCGCAGCAGGGATGGTCGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTa < 2:2046576/150‑1 (MQ=255) cATCGCAGCAGGGATGGTCGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAgg < 2:2816579/150‑1 (MQ=255) tCGCAGCAGGGATGGTCGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGc > 2:2842123/1‑150 (MQ=255) gcagcaGGGATGGTCGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTg > 2:3829075/1‑150 (MQ=255) gcagcaGGGATGGTCGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTg < 1:2531348/150‑1 (MQ=255) cagcagGGATGGTCGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTgg < 1:1950957/150‑1 (MQ=255) | CTCTTTGCGCCGTTAATGGCGGCAGCAGCTGGTGCACTTACTACCGGATTATTTTTCCATCCTCATTTTTCACTGCCCATTGCTCATTACGGACAGATGGAAATGACCGATATTCTCAGCGGTGCAATTGTCGCGGCGATTGCCATCGCAGCAGGGATGGTCGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGG > CP009273/2503664‑2503961 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |