Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,504,065 | C→T | 38.7% | G319G (GGC→GGT) | yfeO → | putative ion channel protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,504,065 | 0 | C | T | 38.7% | 287.9 / inf | 290 | G319G (GGC→GGT) | yfeO | putative ion channel protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (80/97); new base T (60/52); total (141/149) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.85e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
TTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTGGT > CP009273/2503917‑2504213 | tGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTc > 2:251669/1‑150 (MQ=255) gggggTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTcg < 1:1092403/150‑1 (MQ=255) gggggTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTcg > 2:349744/1‑150 (MQ=255) gTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGt < 2:3054371/150‑1 (MQ=255) gTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGt < 2:3934939/150‑1 (MQ=255) ttATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTg > 2:1034817/1‑150 (MQ=255) tATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTgg > 1:787429/1‑150 (MQ=255) aTTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTggg < 2:1852719/150‑1 (MQ=255) ttGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCTTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGc < 1:2139056/150‑1 (MQ=255) gACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCt < 2:4050513/150‑1 (MQ=255) ccAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTc > 1:4035749/1‑150 (MQ=255) ccAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTc > 1:2701153/1‑150 (MQ=255) gTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCg > 2:3014394/1‑150 (MQ=255) 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tGGTTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTg < 1:1769755/150‑1 (MQ=255) ggCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTgg < 1:1237652/150‑1 (MQ=255) | TTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGGCTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGTAATTAAACTTGCCGCCCTGGTCGTTGCTGCCGCCAGTGGCTTTCGCGGTGGGCGAATCTTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTTCCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTGGT > CP009273/2503917‑2504213 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |