| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,563,208 | C→A | 5.6% | A163A (GCG→GCT) | eutJ ← | ethanolamine utilization protein, HSP70/actin superfamily protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP009273 | 2,563,208 | 0 | C | A | 5.6% | 901.4 / 21.2 | 231 | A163A (GCG→GCT) | eutJ | ethanolamine utilization protein, HSP70/actin superfamily protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (104/114); new base A (9/4); total (113/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.28e-01 | |||||||||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
ACAATGTCCGCCATTTTTTCGTACACCGGTTTCACCGCAGGCCAAATCTCTTCACCGTGACCGCGCTTGTACTGCTCCGCCTCTTCCAGCGAAATACGGCGATTTCCGGCGAGAGTCAGAGAGATGTGATGTCCGCCGGTGGCTTCATCCGCCGAGTACGTCACCTTGCCCTTTTTCACGATGGCAATGCCGGTAGTGCCGCCGCCGATATCCACTACACCGGCGTTGTCCAGTTGCAGCAGATCCGCAACTGCGGTTGGCTCATCCAGCACATGGCTCACTTCCAGTCCGGCAGATTC > CP009273/2563059‑2563357 | aCAATGTCCGCCATTTTTTCGTACACCGGTTTCACCGCAGGCCAAATCTCTTCACCGTGACCGCGCTTGTACTGCTCCGCCTCTTCCAGCGAAATACGGCGATTTCCGGCGAGAGTCAGAGAGATGTGATGTCCGCCGGTGGCTTCATcc < 2:4020962/150‑1 (MQ=255) cAATGTCCGCCATTTTTTCGTACACCGGTTTCACCGCAGGCCAAATCTCTTCACCGTGACCGCGCTTGTACTGCTCCGCCTCTTCCAGCGAAATACGGCGATTTCCGGCGAGAGTCAGAGAGATGTGATGTCCGCCGGTGGCTTCATccg > 2:238443/1‑150 (MQ=255) cAATGTCCGCCATTTTTTCGTACACCGGTTTCACCGCAGGCCAAATCTCTTCACCGTGACCGCGCTTGTACTGCTCCGCCTCTTCCAGCGAAATACGGCGATTTCCGGCGAGAGTCAGAGAGATGTGATGTCCGCCGGTGGCTTCATccg < 1:735054/150‑1 (MQ=255) 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ttCGTACACCGGTTTCACCGCAGGCCAAATCTCTTCACCGTGACCGCGCTTGTACTGCTCCGCCTCTTCCAGCGAAATACGGCGATTTCCGGCGAGAGTCAGAGAGATGTGATGTCCGCCGGTGGCTTCATCCGCCGAGTACGTCACCtt < 1:559449/150‑1 (MQ=255) ttCGTACACCGGTTTCACCGCAGGCCAAATCTCTTCACCGTGACCGCGCTTGTACTGCTCCGCCTCTTCCAGCGAAATACGGCGATTTCCGGCGAGAGTCAGAGAGATGTGATGTCCGCCGGTGGCTTCATCCGCCGAGTACGTCACCtt < 2:257327/150‑1 (MQ=255) tCGTACACCGGTTTCACCGCAGGCCAAATCTCTTCACCGTGACCGCGCTTGTACTGCTCCGCCTCTTCCAGCGAAATACGGCGATTTCCGGCGAGAGTCAGAGAGATGTGATGTCCGCCGGTGGCTTCATCCGCCGAGTACGTCACCTTg < 2:2296493/150‑1 (MQ=255) cGTACACCGGTTTCACCGCAGGCCAAATCTCTTCACCGTGACCGCGCTTGTACTGCTCCGCCTCTTCCAGCGAAATACGGCGATTTCCGGCGAGAGTCAGAGAGATGTGATGTCCGCCGGTGGCTTCATCCGCCGAGTACGTCACCTTGc > 2:131820/1‑150 (MQ=255) gTACACCGGTTTCACCGCAGGCCAAATCTCTTCACCGTGACCGCGCTTGTACTGCTCCGCCTCTTCCAGCGAAATACGGCGATTTCCGGCGAGAGTCAGAGAGATGTGATGTCCGCCGGTGGCTTCATCCGCCGAGTACGTCACCTTGcc > 2:584586/1‑150 (MQ=255) 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gagagaTGTGATGTCCGCCGGTGGCTTCATCCGCCGAGTACGTCACCTTGCCCTTTTTCACGATGGCAATGCCGGTAGTGCCGCCGCCGATATCCACTACACCGGCGTTGTCCAGTTGCAGCAGATCCGCAACTGCGGTTGGCTCATCCa > 1:4116921/1‑150 (MQ=255) agaTGTGATGTCCGCCGGTGGCTTCATCCGCCGAGTACGTCACCTTGCCCTTTTTCACGATGTCAATGCCGGTAGTGCCGCCGCCGATATCCACTACACCGGCGTTGTCCAGTTGCAGCAGATCCGCAACAGCGGTTGGCTCATCCAGca > 1:878074/1‑150 (MQ=255) agaTGTGATGTCCGCCGGTGGCTTCATCCGCCGAGTACGTCACCTTGCCCTTTTTCACGATGGCAATGCCGGTAGTGCCGCCGCCGATATCCACTACACCGGCGTTGTCCAGTTGCAGCAGATCCGCAACTGCGGTTGGCTCATCCAGca < 1:1116393/150‑1 (MQ=255) agaTGTGATGTCCGCCGGTGGCTTCATCCGCCGAGTACGTCACCTTGCCCTTTTTCACGATGGCAATGCCGGTAGTGCCGCCGCCGATATCCACTACACCGGCGTTGTCCAGTTGCAGCAGATCCGCAACTGCGGTTGGCTCATCCAGca < 1:2121343/150‑1 (MQ=255) agaTGTGATGTCCGCCGGTGGCTTCATCCGCCGAGTACGTCACCTTGCCCTTTTTCACGATGGCAATGCCGGTAGTGCCGCCGCCGATATCCACTACACCGGCGTTGTCCAGTTGCAGCAGATCCGCAACTGCGGTTGGCTCATCCAGca > 1:1940060/1‑150 (MQ=255) agaTGTGATGTCCGCCGGTGGCTTCATCCGCCGAGTACGTCACCTTGCCCTTTTTCACGATGGCAATGCCGGTAGTGCCGCCGCCGATATCCACTACACCGGCGTTGTCCAGTTGCAGCAGATCCGCAACTGCGGTTGGCTCATCCAGca > 1:877976/1‑150 (MQ=255) gatgtgatgtCCGCCGGTGGCTTCATCCGCCGAGTACGTCACCTTGCCCTTTTTCACGATGGCAATGCCGGTAGTGCCGCCGCCGATATCCACTACACCGGCGTTGTCCAGTTGCAGCAGATCCGCAACTGCGGTTGGCTCATCCAGcac > 1:1394418/1‑150 (MQ=255) gtgatgtCCGCCGGTGGCTTCATCCGCCGAGTACGTCACCTTGCCCTTTTTCACGATGGCAATGCCGGTAGTGCCGCCGCCGATATCCACTACACCGGCGTTGTCCAGTTGCAGCAGATCCGCAACTGCGGTTGGCTCATCCAGCACATg < 1:1013644/150‑1 (MQ=255) atgtCCGCCGGTGGCTTCATCCGCCGAGTACGTCACCTTGCCCTTTTTCACGATGGCAATGCCGGTAGTGCCGCCGCCGATATCCACTACACCGGCGTTGTCCAGTTGCAGCAGATCCGCAACTGCGGTTGGCTCATCCAGCACATGGCt < 2:184971/150‑1 (MQ=255) tgtCCGCCGGTGGCTTCATCCGCCGAGTACGTCACCTTGCCCTTTTTCACGATGGCAATGCCGGTAGTGCCGCCGCCGATATCCACTACACCGGCGTTGTCCAGTTGCAGCAGATCCGCAACTGCGGTTGGCTCATCCAGCACATGGCTc < 2:3958570/150‑1 (MQ=255) gtCCGCCGGTGGCTTCATCCGCCGAGTACGTCACCTTGCCCTTTTTCACGATGGCAATGCCGGTAGTGCCGCCGCCGATATCCACTACACCGGCGTTGTCCAGTTGCAGCAGATCCGCAACTGCGGTTGGCTCATCCAGCACATGGCTCa > 1:2520759/1‑150 (MQ=255) ccgccgGTGGCTTCATCCGCCGAGTACGTCACCTTGCCCTTTTTCACGATGGCAATGCCGGTAGTGCCGCCGCCGATATCCACTACACCGGCGTTGTCCAGTTGCAGCAGATCCGCAACTGCGGTTGGCTCATCCAGCACATGGCTCACt < 2:1084152/150‑1 (MQ=255) cgGTGGCTTCATCCGCCGAGTACGTCACCTTGCCCTTTTTCACGATGGCAATGCCGGTAGTGCCGCCGCCGATATCCACTACACCGGCGTTGTCCAGTTGCAGCAGATCCGCAACTGCGGTTGGCTCATCCAGCACATGGCTCACTTCCa < 2:2406670/150‑1 (MQ=255) ggCTTCATCCGCCGAGTACGTCACCTTGCCCTTTTTCACGATGGCAATGCCGGTAGTGCCGCCGCCGATATCCACTACACCGGCGTTGTCCAGTTGCAGCAGATCCGCAACTGCGGTTGGCTCATCCAGCACATGGCTCACTTCCAGTcc < 2:275681/150‑1 (MQ=255) ggCTTCATCCGCCGAGTACGTCACCTTGCCCTTTTTCACGATGGCAATGCCGGTAGTGCCGCCGCCGATATCCACTACACCGGCGTTGTCCAGTTGCAGCAGATCCGCAACTGCGGTTGGCTCATCCAGCACATGGCTCACTTCCAGTcc > 2:883886/1‑150 (MQ=255) gCTTCATCCGCCGAGTACGTCACCTTGCCCTTTTTCACGATGGCAATGCCGGTAGTGCCGCCGCCGATATCCACTACACCGGCGTTGTCCAGTTGCAGCAGATCCGCAACTGCGGTTGGCTCATCCAGCACATGGCTCACTTCCAGTCCg > 2:3754803/1‑150 (MQ=255) cTTCATCCGCCGAGTACGTCACCTTGCCCTTTTTCACGATGGCAATGCCGGTAGTGCCGCCGCCGATATCCACTACACCGGCGTTGTCCAGTTGCAGCAGATCCGCAACTGCGGTTGGCTCATCCAGCACATGGCTCACTTCCAGTCCgg > 1:2371057/1‑150 (MQ=255) tCATCCGCCGAGTACGTCACCTTGCCCTTTTTCACGATGGCAATGCCGGTAGTGCCGCCGCCGATATCCACTACACCGGCGTTGTCCAGTTGCAGCAGATCCGCAACTGCGGTTGGCTCATCCAGCACATGGCTCACTTCCAGTCCGGCa < 1:2446688/150‑1 (MQ=255) cATCCGCCGAGTACGTCACCTTGCCCTTTTTCACGATGGCAATGCCGGTAGTGCCGCCGCCGATATCCACTACACCGGCGTTGTCCAGTTGCAGCAGATCCGCAACTGCGGTTGGCTCATCCAGCACATGGCTCACTTCCAGTCCGGCAg > 2:349038/1‑150 (MQ=255) aTCCGCCGAGTACGTCACCTTGCCCTTTTTCACGATGGCAATGCCGGTAGTGCCGCCGCCGATATCCACTACACCGGCGTTGTCCAGTTGCAGCAGATCCGCAACTGCTGTTGGCTCATCCAGCACATGGCTCACTTCCAGTCCGGCAGa > 1:2506267/1‑150 (MQ=255) ccgccgAGTACGTCACCTTGCCCTTTTTCACGATGGCAATGCCGGTAGTGCCGCCGCCGATATCCACTACACCGGCGTTGTCCAGTTGCAGCAGATCCGCAACTGCGGTTGGCTCATCCAGCACATGGCTCACTTCCAGTCCGGCAGAtt > 1:3931393/1‑150 (MQ=255) cgccgAGTACGTCACCTTGCCCTTTTTCACGATGGCAATGCCGGTAGTGCCGCCGCCGATATCCACTACACCGGCGTTGTCCAGTTGCAGCAGATCCGCAACTGCGGTTGGCTCATCCAGCACATGGCTCACTTCCAGTCCGGCAGATTc < 2:1243718/150‑1 (MQ=255) | ACAATGTCCGCCATTTTTTCGTACACCGGTTTCACCGCAGGCCAAATCTCTTCACCGTGACCGCGCTTGTACTGCTCCGCCTCTTCCAGCGAAATACGGCGATTTCCGGCGAGAGTCAGAGAGATGTGATGTCCGCCGGTGGCTTCATCCGCCGAGTACGTCACCTTGCCCTTTTTCACGATGGCAATGCCGGTAGTGCCGCCGCCGATATCCACTACACCGGCGTTGTCCAGTTGCAGCAGATCCGCAACTGCGGTTGGCTCATCCAGCACATGGCTCACTTCCAGTCCGGCAGATTC > CP009273/2563059‑2563357 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |