| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,668,994 | C→A | 35.0% | D43Y (GAT→TAT) | yphC ← | putative Zn‑dependent NAD(P)‑binding oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,668,994 | 0 | C | A | 35.0% | 357.6 / 212.3 | 222 | D43Y (GAT→TAT) | yphC | putative Zn‑dependent NAD(P)‑binding oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (55/89); new base A (32/46); total (87/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
GCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGCACCGCAACTTCCCGCAGATCGACGGTCGAATTTCCTGGTAAATAAGCTGCCAGCATCGTTTTCATAAATCCCTCATTAACAATACGAT > CP009273/2668848‑2669143 | gCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCa > 2:3904745/1‑150 (MQ=255) gCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATAGCTTCCGCa > 1:114390/1‑150 (MQ=255) ccTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCaaa > 1:318359/1‑150 (MQ=255) ctctTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAAt > 2:3627629/1‑150 (MQ=255) tttAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATACAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATccc < 1:17042/150‑1 (MQ=255) tttAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATAGCTTCCGCAAATccc < 1:1209433/150‑1 (MQ=255) tAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCgg > 1:481393/1‑150 (MQ=255) aaaTGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCggag < 1:546378/150‑1 (MQ=255) aaaTGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCggag < 1:2341530/150‑1 (MQ=255) aaTGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCggagg < 2:3081051/150‑1 (MQ=255) gcggcAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGAttt < 1:1089023/150‑1 (MQ=255) cggcAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATAGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTc > 2:3906491/1‑150 (MQ=255) cggcAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATAGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTc < 1:2373074/150‑1 (MQ=255) 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atgatAGATATAGTGGACATAGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGCACCGCAACTTCCCGCAGATCGACGGTCGAATTTCCTGGTAAATAAGCTGCCAGCATCGTTTTCATaaa < 2:2920774/150‑1 (MQ=255) tgatAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGCACCGCAACTTCCCGCAGATCGACGGTCGAATTTCCTGGTAAATAAGCTGCCAGCATCGTTTTCATAAAt < 2:3731097/150‑1 (MQ=255) tgatAGATATAGTGGACATAGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGCACCGCAACTTCCCGCAGATCGACGGTCGAATTTCCTGGTAAATAAGCTGCCAGCATCGTTTTCATAAAt < 1:2003866/150‑1 (MQ=255) tgatAGATATAGTGGACATAGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGCACCGCAACTTCCCGCAGATCGACGGTCGAATTTCCTGGTAAATAAGCTGCCAGCATCGTTTTCATAAAt < 1:2656906/150‑1 (MQ=255) tgatAGATATAGTGGACATAGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGCACCGCAACTTCCCGCAGATCGACGGTCGAATTTCCTGGTAAATAAGCTGCCAGCATCGTTTTCATAAAt < 1:3968307/150‑1 (MQ=255) 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aCATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGCACCGCAACTTCCCGCAGATCGACGGTCGAATTTCCTGGTAAATAAGCTGCCAGCATCGTTTTCATAAATCCCTCATTAACAATa < 1:618961/150‑1 (MQ=255) cGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGCACCGCAACTTCCCGCAGATCGACGGTCGAATTTCCTGGTAAATAAGCTGCCAGCATCGTTTTCATAAATCCCTCATTAACAATACGAt > 1:2579741/1‑150 (MQ=255) | GCGGTCGCCCTCTTTAAAATGGCGGCAGCCTTGCCCCATCGCCACAATCTGCCCGCACGGTTCATGACCGTTGATAAAGCCCTGGTATAACGGTTTATCGGGTGCCGCCGCTGTGGCACGGTGTTGATGATAGATATAGTGGACATCGCTTCCGCAAATCCCGGAGGATTTCATTTTGATCAGTACCTGGTTAATCCCCGGCGTCGGCACCGCAACTTCCCGCAGATCGACGGTCGAATTTCCTGGTAAATAAGCTGCCAGCATCGTTTTCATAAATCCCTCATTAACAATACGAT > CP009273/2668848‑2669143 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |