| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,711,249 | G→T | 8.0% | G213G (GGC→GGA) | yfiF ← | putative methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,711,249 | 0 | G | T | 8.0% | 1085.4 / 42.0 | 284 | G213G (GGC→GGA) | yfiF | putative methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (136/124); new base T (11/11); total (148/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
TCCAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCAAGAAGCAAACGCCGCCGTGATGTTCCGTGCCTGACGCTT > CP009273/2711100‑2711397 | tcCAGCACGTTACCAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATg < 1:1245252/150‑1 (MQ=255) cAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGcc > 2:2213246/1‑150 (MQ=255) cAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGcc > 1:3922983/1‑150 (MQ=255) cAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGcc > 1:970531/1‑150 (MQ=255) cAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGcc < 1:1784312/150‑1 (MQ=255) cAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGcc < 1:3434070/150‑1 (MQ=255) gTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAg < 2:175428/150‑1 (MQ=255) gTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAg > 1:458081/1‑150 (MQ=255) gTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAg > 1:3753933/1‑150 (MQ=255) gTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAg < 2:3432699/150‑1 (MQ=255) ttAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATTCCACCCAgg > 1:659329/1‑150 (MQ=255) ttAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATCCCACCCAgg > 1:4011473/1‑150 (MQ=255) aaCAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGtt < 1:1844694/150‑1 (MQ=255) aaCAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGtt < 2:2937005/150‑1 (MQ=255) aaTGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATg > 2:905241/1‑150 (MQ=255) aaTGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATg > 2:173601/1‑150 (MQ=255) aaTGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTAATg > 2:3460798/1‑150 (MQ=255) tgttgtCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCg > 2:1073223/1‑150 (MQ=255) 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cTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCACTCCGGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCAAGAAGc < 2:3883873/150‑1 (MQ=255) ttCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATTCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCAAGAAGCaa < 2:188894/150‑1 (MQ=255) ttCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCAAGAAGCaa < 1:1307935/150‑1 (MQ=255) tCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCAAGAAGCaaa < 2:3765194/150‑1 (MQ=255) cGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCAAGAAGCAAAcgc > 2:3662693/1‑150 (MQ=255) cGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCAAGAAGCAAAcgccgc > 2:301543/1‑150 (MQ=255) cGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCAAGAAGCAAAcgccgc > 2:56960/1‑150 (MQ=255) gatgTGCGCGCAGGTGCGCTTCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCAAGAAGCAAACgccgcc < 2:1435390/147‑1 (MQ=255) gAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCAAGAAGCAAACgccgcc > 2:2454951/1‑150 (MQ=255) aaGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCAAGAAGCAAACGccgccg > 1:1493901/1‑150 (MQ=255) aGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCAAGAAGCAAACGCCGCCGt > 1:925810/1‑150 (MQ=255) tGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCAAGAAGCAAACGCCGCCGTGa > 1:2168952/1‑150 (MQ=255) gcgcgcAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCAAGAAGCAAACGCCGCCGTGAt < 2:3753933/150‑1 (MQ=255) aGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCAAGAAGCAAACGCCGCCGTGATGTTCCg > 1:3563879/1‑150 (MQ=255) aGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCAAGAAGCAAACGCCGCCGTGATGTTCCg < 2:682161/150‑1 (MQ=255) 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tcatTCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCAAGAAGCAAACGCCGCCGTGATGTTCCGTGCCTGACg < 1:3073442/150‑1 (MQ=255) atGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCAAGAAGCAAACGCCGCCGTGATGTTCCGTGCCTGACGCt > 2:3078903/1‑150 (MQ=255) | TCCAGCACGTTAACAATGTTGTCGCCAGTAATCGGCTGAACGTGCTCTGCGCCGCCTTCTGCGGTACGGATAGCCGCCCCCGACTCCAGCAGTGCCGCATCCTGCACCACGACACCTTTCACGCCGAAGTGCGCGCAGCTGCGCATCATGCCACCCAGGTTATGCGGGTTAGATTCGTTTTCCAGTGCCAGAACGCAATCCTGCGCGCCTGCCTGGCTTACCCACTGCTGCACGGTTGTACCGTTACGCTTTTTGATCAAGAAGCAAACGCCGCCGTGATGTTCCGTGCCTGACGCTT > CP009273/2711100‑2711397 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |