Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,799,851 | C→A | 5.8% | V161V (GTC→GTA) | proW → | glycine betaine transporter subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,799,851 | 0 | C | A | 5.8% | 911.6 / 21.7 | 235 | V161V (GTC→GTA) | proW | glycine betaine transporter subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (85/136); new base A (2/12); total (87/148) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.84e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
GTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGCGAGCGGCGAAAATTATTCGTCCACTGCTTGATGCCATGCAGACCACGCCAGCGTTTGTTTATCTGGTGCCAATCGTCATGCTATTTGGTATCGGTAACGTGCCGGGCGT > CP009273/2799702‑2800000 | gTTTTCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTc > 1:2665885/1‑150 (MQ=255) ttCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTAATc < 1:2613851/150‑1 (MQ=255) tCGCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCg > 1:1335102/1‑150 (MQ=255) gCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGt < 1:1183565/150‑1 (MQ=255) gCTCTCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGt > 2:40607/1‑150 (MQ=255) ctctCATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGtt < 2:1858335/150‑1 (MQ=255) tctcATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGttt < 1:3419872/150‑1 (MQ=255) ctcATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCCATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTg > 2:421269/1‑150 (MQ=255) cATCGCCTGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGcc > 1:4015089/1‑150 (MQ=255) tGGCAGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTgggg > 2:1125482/1‑150 (MQ=255) tGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTgggg < 2:3591953/150‑1 (MQ=255) tGGCAGATTTCCGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTgggg < 2:2774819/150‑1 (MQ=255) cAGATTTCCGGGGTCGGACTGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCTGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGGTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGGTGGGGata > 2:2040374/1‑150 (MQ=255) aGATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGatat > 1:425347/1‑150 (MQ=255) gATTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATAtg < 1:908824/150‑1 (MQ=255) aTTTCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATAtgg > 1:3529037/1‑150 (MQ=255) ttCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATAtggct > 2:520779/1‑150 (MQ=255) tCCGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATAtggctg < 1:3287186/150‑1 (MQ=255) ccGGGGTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATAtggctgg > 2:216066/1‑150 (MQ=255) ccGGGGTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATAtggctgg < 1:3838020/150‑1 (MQ=255) ggggTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCg > 2:2688209/1‑150 (MQ=255) ggggTAGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCg > 1:717410/1‑150 (MQ=255) gggTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCga < 1:255824/150‑1 (MQ=255) gggTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCga < 1:4103523/150‑1 (MQ=255) gggTCGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCga < 2:3656872/150‑1 (MQ=255) cGGAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAg < 2:2381633/150‑1 (MQ=255) aggAATGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAg > 1:2545594/2‑150 (MQ=255) aaTGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTcc > 2:1245993/1‑150 (MQ=255) aaTGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTcc < 2:253272/150‑1 (MQ=255) aTGGGTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCcg < 2:890591/150‑1 (MQ=255) ggTGTGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGCGa < 2:655554/150‑1 (MQ=255) gtgtGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGCGAg < 2:3761044/150‑1 (MQ=255) gtgtGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGCGAg < 2:3265015/150‑1 (MQ=255) gCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCAGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGCGAgcggcg < 2:1500638/150‑1 (MQ=255) gACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGCGAGCGGCGaa > 2:4154037/1‑150 (MQ=255) gCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGCGAGCGGCGAAAat < 2:569867/150‑1 (MQ=255) ggTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGCGAGCGGCGAAAattat < 2:3903838/150‑1 (MQ=255) tttCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGCGAGCGGCGAAAATTATTc < 1:1232102/150‑1 (MQ=255) tttCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGCGAGCGGCGAAAATTATTc < 1:3375063/150‑1 (MQ=255) cGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGCGAGCGGCGAAAATTATTCGTc > 1:3626806/1‑150 (MQ=255) gCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGCGAGCGGCGAAAATTATTCGTcc > 2:684094/1‑150 (MQ=255) cTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGCGAGCGGCGAAAATTATTCGTCCa < 2:3374063/150‑1 (MQ=255) cTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGCGAGCGGCGAAAATTATTCGTCCa > 1:1915168/1‑150 (MQ=255) cTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGCGAGCGGCGAAAATTATTCGTCCa < 2:235660/150‑1 (MQ=255) tGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGCGAGCGGCGAAAATTATTCGTCCAc < 2:2090444/150‑1 (MQ=255) tGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGCGAGCGGCGAAAATTATTCGTCCAc > 1:2243363/1‑150 (MQ=255) tGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGGTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGCGAGCGGCGAAAATTATTCGTCCAc > 2:1806954/1‑150 (MQ=255) gATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGCGAGCGGCGAAAATTATTCGTCCACt > 2:2850574/1‑150 (MQ=255) tGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGCGAGCGGCGAAAATTATTCGTCCACTGCt < 2:1260462/150‑1 (MQ=255) gCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGCGAGCGGCGAAAATTATTCGTCCACTGCtt < 2:1182175/150‑1 (MQ=255) gCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGCGAGCGGCGAAAATTATTCGTCCACTGCtt < 2:1965116/150‑1 (MQ=255) gCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGCGAGCGGCGAAAATTATTCGTCCACTGCtt > 1:1376980/1‑150 (MQ=255) ccATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCGCGAGCGGCGAAAATTATTCGTCCACTGCTTg < 1:2735304/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |