| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,846,112 | C→A | 54.6% | I206I (ATC→ATA) | hypD → | hydrogenase maturation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,846,112 | 0 | C | A | 54.6% | 26.0 / inf | 304 | I206I (ATC→ATA) | hypD | hydrogenase maturation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (68/70); new base A (86/80); total (154/150) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
ACTCTGCAACAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATCAGTATCGTC > CP009273/2845963‑2846260 | tctGCAACAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCgg > 2:2938195/1‑150 (MQ=255) ctGCAACAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGc > 2:3251051/1‑150 (MQ=255) aaCAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCg > 2:1168246/1‑150 (MQ=255) aaCAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGAACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCg < 2:231726/150‑1 (MQ=255) gAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGTTTATCGGCACCGACGCCta > 1:1425909/1‑150 (MQ=255) gAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCta > 2:1581437/1‑150 (MQ=255) cgTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAAtttt < 1:3254435/150‑1 (MQ=255) tGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTAt > 1:1945915/1‑150 (MQ=255) aTGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCg < 1:3614024/150‑1 (MQ=255) tgtgCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGc < 2:2254644/150‑1 (MQ=255) gtgCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGcc < 2:2719814/150‑1 (MQ=255) gCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAg < 1:3513259/150‑1 (MQ=255) cAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATCGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGc > 2:2502014/1‑150 (MQ=255) aGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCg < 1:2635362/150‑1 (MQ=255) gAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGa > 2:2085941/1‑150 (MQ=255) aaTTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGAt < 2:310513/150‑1 (MQ=255) aaTTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGAt > 2:703795/1‑150 (MQ=255) aaTTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGAt < 2:1222143/150‑1 (MQ=255) aaTTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGAt > 2:3722443/1‑150 (MQ=255) aTTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGAtt < 2:3595285/150‑1 (MQ=255) ttttACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCTATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGAtttt < 1:1168971/150‑1 (MQ=255) ttttACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGAtttt < 1:2101331/150‑1 (MQ=255) ttttACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGAtttt < 1:2366819/150‑1 (MQ=255) ttACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCa > 1:578759/1‑150 (MQ=255) ttACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCa > 2:1041706/1‑150 (MQ=255) tACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCAt > 1:3452138/1‑150 (MQ=255) tACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCAt > 1:2232291/1‑150 (MQ=255) ttctGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCg < 1:4068085/150‑1 (MQ=255) 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ttATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCg > 2:1898723/1‑150 (MQ=255) ttATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCg > 2:472892/1‑150 (MQ=255) tATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGa > 2:3493279/1‑150 (MQ=255) aTCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGaa > 1:2377562/1‑150 (MQ=255) ccGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAAccc > 1:2470200/1‑150 (MQ=255) 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tATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATCAGTAtcg > 1:1849359/1‑150 (MQ=255) tATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATCAGTAtcg > 1:3302784/1‑150 (MQ=255) | ACTCTGCAACAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATCAGTATCGTC > CP009273/2845963‑2846260 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |