| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 253,769 | C→T | 8.8% | V252V (GTC→GTT) | frsA → | fermentation‑respiration switch protein; PTS Enzyme IIA(Glc)‑binding protein; pNP‑butyrate esterase activity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 253,769 | 0 | C | T | 8.8% | 771.2 / 44.7 | 227 | V252V (GTC→GTT) | frsA | fermentation‑respiration switch protein; PTS Enzyme IIA(Glc)‑binding protein; pNP‑butyrate esterase activity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (101/106); new base T (12/8); total (113/114) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
CTGGATGCGATGCAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTCCGTTTCGGCGCTAACGTTGCCGTGCGTCTGGCATACCTTGAATCGCCGCGTCTGAAAGCGGTTGCCTGTCTTGGTCCGGTAGTTCATAC > CP009273/253620‑253918 | ggATGCGATGCAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATCTGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCtt < 2:1915409/150‑1 (MQ=255) gatgcAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGgc > 1:2558526/1‑150 (MQ=255) gatgcAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGgc < 1:3071321/150‑1 (MQ=255) 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cGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTCCGTTTCGGCGCTAACGTTGCCGTGCGTCTGGCATACCTTGAATCGCCGCGTCTGAAAGCGGTTGCCTGTCTTGGTCCGGTAGTTCa < 1:3944099/150‑1 (MQ=255) gTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTCCGTTTCGGCGCTAACGTTGCCGTGCGTCTGGCATACCTTGAATCGCCGCGTCTGAAAGCGGTTGCCTGTCTTGGTCCGGTAGTTCAt < 1:1682289/150‑1 (MQ=255) | CTGGATGCGATGCAGACGGACTATTACAGCCTGTATGAACGTTATTTTGCGCCGCGCGGCATTGCGATGCTGACTATTGATATGCCGTCGGTGGGCTTTTCTTCAAAATGGAAGCTCACCCAGGACTCCAGCCTGTTGCATCAGCACGTCTTAAAGGCGCTGCCTAACGTACCGTGGGTGGATCACACTCGCGTCGCGGCCTTTGGTTTCCGTTTCGGCGCTAACGTTGCCGTGCGTCTGGCATACCTTGAATCGCCGCGTCTGAAAGCGGTTGCCTGTCTTGGTCCGGTAGTTCATAC > CP009273/253620‑253918 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |