| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,854,711 | G→A | 9.5% | intergenic (‑118/‑78) | ygbI ← / → ygbJ | DeoR family putative transcriptional regulator/putative dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,854,711 | 0 | G | A | 9.5% | 768.4 / 50.8 | 231 | intergenic (‑118/‑78) | ygbI/ygbJ | DeoR family putative transcriptional regulator/putative dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (94/114); new base A (10/12); total (105/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-01 | |||||||||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
AGGATGATTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGC‑TTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAACGGGATCTGAGTTTCATGTCGGTATCGTTGGCTTAGGGTCAATGGGAATGGGAGCAGCACTGTC > CP009273/2854562‑2854859 | atgatTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATGAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATc > 2:400658/1‑150 (MQ=255) tgatTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCa > 2:3024834/1‑150 (MQ=255) atTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAcc < 1:1219639/150‑1 (MQ=255) atTTGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCAcc < 1:3400377/150‑1 (MQ=255) tttGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCa > 2:1693537/1‑150 (MQ=255) tGGCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCATGCGAAACGTGCGCGGCGCAACAAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGAACACCATa > 2:582342/1‑150 (MQ=255) ggCGACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATAc < 1:882340/150‑1 (MQ=255) gACGCTCTACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGt > 2:3775694/1‑150 (MQ=255) 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ctACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATGTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCtt < 1:2604074/150‑1 (MQ=255) tACGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTc > 1:3724697/1‑150 (MQ=255) aCGGGTATCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTcc < 1:127359/150‑1 (MQ=255) tCAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGC‑tt < 1:1822608/150‑1 (MQ=255) cAACTTTTGCTCCTTCCTTTGTCCTGCTGACATTCTACGCTATTTGCCTGCGAAACGTGCGCGGCGCAACTAACGCTTAGTTCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGC‑Tta < 1:2426921/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |