Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,927,355 | A→C | 6.1% | intergenic (‑308/‑239) | fucA ← / → fucP | L‑fuculose‑1‑phosphate aldolase/L‑fucose transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,927,355 | 0 | A | C | 6.1% | 702.7 / 33.5 | 225 | intergenic (‑308/‑239) | fucA/fucP | L‑fuculose‑1‑phosphate aldolase/L‑fucose transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (98/113); new base C (4/10); total (102/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.69e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
TGCAAGTTCTCTTTTTATAACCCCATTAAAAATGACCGCTCTTAAAAATATTTATCAAAACGGTCATTTTTCTATTCCTCCAAGCCCGGAATGACCGTTTTCGGCACAAACAATTAATACGGTCATCTGATTTGTGTTTTTTATGATTTATTTTCTGAAACGGGCATGAAATTTCGATTATTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATAT > CP009273/2927206‑2927504 | tGCAAGTTCTCTTTTTATAACCCCATTAAAAATGACCGCTCTTAAAAATATTTATCAAAACGGTCATTTTTCTATTCCTCCAAGCCCGGAATGACCGTTTTCGGCACAAACAATTAATACGGTCATCTGATTTGTGTTTTTTATGattta < 1:1623214/150‑1 (MQ=255) cAAGTTCTCTTTTTATAACCCCATTAAAAATGACCGCTCTTAAAAATATTTATCAAAACGGTCATTTTTCTATTCCTCCAAGCCCGGAATGACCGTTTTCGGCACAAACAATTAATACGGTCATCTGATTTGTGTTTTTTATGatttatt < 2:241076/150‑1 (MQ=255) gTTCTCTTTTTATAACCCCATTAAAAATGACCGCTCTTAAAAATATTTATCAAAACGGTCATTTTTCTATTCCTCCAAGCCCGGAATGAACGTTTTCGGCACAAACAATTAATACGGTCATCTGATTTGTGTTTTTTATGATTTCTTTTc < 2:1445863/150‑1 (MQ=255) 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atttTCTGAAACGGGCATGAAATTTCGATTATTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAatat > 1:3395603/1‑150 (MQ=255) atttTCTGAAACGGGCATGAAATTTCGATTATTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAatat < 2:1824712/150‑1 (MQ=255) | TGCAAGTTCTCTTTTTATAACCCCATTAAAAATGACCGCTCTTAAAAATATTTATCAAAACGGTCATTTTTCTATTCCTCCAAGCCCGGAATGACCGTTTTCGGCACAAACAATTAATACGGTCATCTGATTTGTGTTTTTTATGATTTATTTTCTGAAACGGGCATGAAATTTCGATTATTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATAT > CP009273/2927206‑2927504 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |