| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,978,850 | C→A | 42.1% | V34V (GTG→GTT) | yqeF ← | short chain acyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,978,850 | 0 | C | A | 42.1% | 237.4 / 268.0 | 223 | V34V (GTG→GTT) | yqeF | short chain acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (80/49); new base A (51/43); total (131/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 227 total aligned reads displayed.
ATAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGCTAACGCACCACGAAAGCAGCCGATAGGTGTCCGTAACGCCCCGACAATCACAACGTCTTTCATCACAACCTCGCACCAATTAACAGTGCAATAGTAAATGATTGTTAATTA > CP009273/2978701‑2978999 | aTAGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTc < 2:674168/150‑1 (MQ=255) aGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCAc < 2:3809214/150‑1 (MQ=255) aGTGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCAc > 1:1640204/1‑150 (MQ=255) tGATTGCAGAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTAACGa > 2:815485/1‑150 (MQ=255) gAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCACGACCAGACTa > 2:3239381/1‑150 (MQ=255) gAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTAACGACCAGACTa > 1:2586691/1‑150 (MQ=255) gAAACGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTAACGACCAGACTa > 1:398660/1‑150 (MQ=255) aaCGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCACGACCAGACTAcc > 2:2044007/1‑150 (MQ=255) cGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCACGACCAGACTACCaa > 1:575899/1‑150 (MQ=255) cGCTATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTAACGACCAGACTACCaa > 2:3510996/1‑150 (MQ=255) tATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCACGACCAGACTACCAAGtt > 2:362660/1‑150 (MQ=255) tATTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCACGACCAGACTACCAAGtt > 2:1115865/1‑150 (MQ=255) aTTAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCACGACCAGACTACCAAGTTc > 1:687339/1‑150 (MQ=255) ttAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCACGACCAGACTACCAAGTTcc < 2:2792668/150‑1 (MQ=255) ttAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCACGACCAGACTACCAAGTTcc < 1:987870/150‑1 (MQ=255) tAGGCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTAACGACCAGACTACCAAGTTCCa > 1:1164895/1‑150 (MQ=255) ggCAGACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCACGACCAGACTACCAAGTTCCAcg < 1:1654303/150‑1 (MQ=255) gACCACCTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCACGACCAGACTACCAAGTTCCAcggcgg > 2:3323860/1‑150 (MQ=255) accaccTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGa > 2:3536333/1‑150 (MQ=255) accaccTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCACGACCAGACTACCAAGATCCACGGCGGa > 1:3584573/1‑150 (MQ=255) accTTTAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTAACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATg > 2:1342609/1‑150 (MQ=255) tttAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGAcc < 1:1865558/150‑1 (MQ=255) tAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCg < 1:54244/150‑1 (MQ=255) tAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCg < 2:2922525/150‑1 (MQ=255) tAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTAACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCg > 2:1074221/1‑150 (MQ=255) tAATAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTAACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCg < 2:2699931/150‑1 (MQ=255) aTAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCACCACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATTTGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTAACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGCt < 1:8122/150‑1 (MQ=255) aTAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGCt > 2:2397648/1‑150 (MQ=255) aTAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGCt > 2:1853356/1‑150 (MQ=255) aTAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGCt > 2:2397754/1‑150 (MQ=255) tAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGCTa > 2:3910357/1‑150 (MQ=255) tAGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTAACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGCTa > 2:3834245/1‑150 (MQ=255) aGCCGATTGCCTTGCCGGATTCTGCCCTGCCCCTGCAGTCAACACCTGACCAAGAATTACTTCATCCACCGCATATGCAGGAACGCCGGTACGTTCTATTAACGCTTTCACGACCAGACTACCAAGTTCCACGGCGGAATGACCCGCTaa > 2:465986/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |