| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,044,281 | G→A | 34.6% | intergenic (‑255/+193) | gcvT ← / ← ubiI | aminomethyltransferase, tetrahydrofolate‑dependent, subunit (T protein) of glycine cleavage complex/2‑octaprenylphenol hydroxylase, FAD‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,044,281 | 0 | G | A | 34.6% | 366.8 / 302.8 | 288 | intergenic (‑255/+193) | gcvT/ubiI | aminomethyltransferase, tetrahydrofolate‑dependent, subunit (T protein) of glycine cleavage complex/2‑octaprenylphenol hydroxylase, FAD‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (107/79); new base A (48/51); total (155/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
TTGCCTGAACTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCT‑AAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGCGAAAAAACCGGGA > CP009273/3044133‑3044428 | ttGCCTGAACTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGt > 2:2039245/1‑150 (MQ=255) tGAACTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAAtt > 2:3993292/1‑150 (MQ=255) tGAACTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAATCAAtt > 2:2569991/1‑150 (MQ=255) 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gatgatGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCT‑AAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCg > 1:2290400/1‑150 (MQ=255) gatgatGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCT‑AAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCg < 2:601641/150‑1 (MQ=255) atgtgatgAGAAAGTAAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCT‑AAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATGAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGCGa < 2:1984977/150‑1 (MQ=255) gatgaGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCT‑AAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGCGaaaaa < 1:1322319/150‑1 (MQ=255) gatgaGAAAGTCAATTTGAATAAGAAAATATTAAGAGCT‑AAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGCGaaaaa < 1:832033/150‑1 (MQ=255) gagaAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCT‑AAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATTAGGAAAATCTCCCGGCGAAAAAAcc > 1:2474522/1‑150 (MQ=255) aaGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCT‑AAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGCGAAAAAACCGGga < 2:703337/150‑1 (MQ=255) | TTGCCTGAACTTACCACCGAAACAGACTGTTAACCATAAGGTAAAATTGATCATCACATTAGCTTATGGTTAAAAAATGCAAAAATCGCGACAGAATAAAAAACCAAAAAATACACCAGTTTCTATACAAAGATGATGTGATGAGAAAGTCAATTTGAATAAGACAATATTAAGAGCT‑AAAAAAATGTCAAAAAACACTAAATCAAAAAATAATGGCATTAGAAAATATAATGCGAAAACGGAGGTGAAATTAGTTTATTTCAAATGAGGAAAATCTCCCGGCGAAAAAACCGGGA > CP009273/3044133‑3044428 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |