Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 291,453 | A→T | 8.1% | L452* (TTA→TAA) | intF ← | CP4‑6 prophage; putative phage integrase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 291,453 | 0 | A | T | 8.1% | 716.0 / 40.5 | 218 | L452* (TTA→TAA) | intF | CP4‑6 prophage; putative phage integrase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (124/76); new base T (11/7); total (135/83) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |