| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,056,567 | T→A | 9.3% | F74L (TTT→TTA) | argK → | membrane ATPase/protein kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,056,567 | 0 | T | A | 9.3% | 797.6 / 59.3 | 259 | F74L (TTT→TTA) | argK | membrane ATPase/protein kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (116/117); new base A (10/14); total (126/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
GCCATGACGCTGGTGGAAAGCCGTCACCCGCGTCATCAGGCACTAAGTACGCAGCTGCTTGATGCCATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTGAGGCCTTTGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTCGCGGTTATTGCGGTCGATCCCAGCAGCCCGGTCACTGGCGGTAGCATTCTCGGGGATAAAACCCGCATGAATGACCTGGCGCGTGCCGAAGCGGCGTTTATTCGCCCGGTACCAT > CP009273/3056418‑3056715 | gCCATGACGCTGGTGGAAAGCCGTCACCCGCGTCATCAGGCACTAAGTACGCAGCTGCTTGATGCCATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTGAGGCCttt < 2:1530012/150‑1 (MQ=255) cATGACGCTGGTGGAAAGCCGTCACCCGCGTCATCAGGCACTAAGTACGCAGCTGCTTGATGCCATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTGAGGCCTTTgg < 1:3646386/150‑1 (MQ=255) gACGCTGGTGGAAAGCCGTCACCCGCGTCATCAGGCACTAAGTACGCAGCTGCTTGATGCCATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTGAGGCCTTTGGCAt > 1:3131990/1‑150 (MQ=255) gACGCTGGTGGAAAGCCGTCACCCGCGTCATCAGGCACTAAGTACGCAGCTGCTTGATGCCATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTGAGGCCTTTGGCAt > 1:2767182/1‑150 (MQ=255) aCGCTGGTGGAAAGCCGTCACCCGCGTCATCAGGCACTAAGTACGCAGCTGCTTGATGCCATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTGAGGCCTTTGGCAtg < 2:2925489/150‑1 (MQ=255) gtggAAAGCCGTCACCCGCGTCATCAGGCACTAAGTACGCAGCTGCTTGATGACATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTTAGGCCTTTGGCATgttgttt < 2:3271568/150‑2 (MQ=255) gAAAGCCGTCACCCGCGTCATCAGGCACTAAGTACGCAGCTGCTTGATGCCATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTGAGGCCTTTGGCTTGTTGTTGAtt < 2:2365931/150‑1 (MQ=255) gAAAGCCGTCACCCGCGTCATCAGGCACTAAGTACGCAGCTGCTTGATGCCATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTGAGGCCTTTGGCATGTTGTTGAtt < 2:1776107/150‑1 (MQ=255) aaaGCCGTCACCCGCGTCATCAGGCACTAAGTACGCAGCTGCTTGATGCCATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTGAGGCCTTTGGCATGTTGTTGATTc > 1:731271/1‑150 (MQ=255) aaaGCCGTCACCCGCGTCATCAGGCACTAAGTACGCAGCTGCTTGATGCCATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTGAGGCCTTTGGCATGTTGTTGATTc < 2:2003679/150‑1 (MQ=255) aaGCCGTCACCCGCGTCATCAGGCACTAAGTACGCAGCTGCTTGATGCCATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTGAGGCCTTTGGCATGTTGTTGATTCg < 2:2974204/150‑1 (MQ=255) gCCGTCACCCGCGTCATCAGGCACTAAGTACGCAGCTGCTTGATGCCATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTGAGGCCTTTGGCATGTTGTTGATTCgag > 2:1506068/1‑150 (MQ=255) gTCACCCGCGTCATCAGGCACTAAGTACGCAGCTGCTTGATGCCATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTGAGGCCTTTGGCATGTTGTTGATTCGAGAgg < 1:1712965/150‑1 (MQ=255) gTCACCCGCGTCATCAGGCACTAAGTACGCAGCTGCTTGATGCCATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTGAGGCCTTTGGCATGTTGTTGATTCGAGAgg < 1:423304/150‑1 (MQ=255) gTCACCCGCGTCATCAGGCACTAAGTACGCAGCTGCTTGATGCCATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTGAGGCCTTTGGCATGTTGTTGATTCGAGAgg < 1:2050790/150‑1 (MQ=255) cACCCGCGTCATCAGGCACTAAGTACGCAGCTGCTTGATGCCATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTGAGGCCTTTGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGa > 2:2915254/1‑150 (MQ=255) aCCCGCGTCATCAGGCACTAAGTACGCAGCTGCTTGATGCCATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTGAGGCCTTTGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGAt < 2:3340080/150‑1 (MQ=255) ccGCGTCATCAGGCACTAAGTACGCAGCTGCTTGATGCCATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTGAGGCCTTTGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTa < 1:3708883/150‑1 (MQ=255) 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catcaGGCACTAAGTACGCAGCTGCTTGATGCCATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTGAGGCCTTTGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTc > 1:3035183/1‑150 (MQ=255) caGGCACTAAGTACGCAGCTGCTTGATGCCATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTGAGGCCTTTGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTcgcg > 1:1272274/1‑150 (MQ=255) aGGCACTAAGTACGCAGCTGCTTGATGCCATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTGAGGCCTTAGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTCGCgg > 2:3252915/1‑150 (MQ=255) ggCACTAAGTACGCAGCTGCTTGATGCCATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTGAGGCCTTTGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTCGCGGt < 1:1640243/150‑1 (MQ=255) cTAAGTACGCAGCTGCTTGATGCCATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTGAGGCCTTAGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTCGCGGTTAtt < 1:1374893/150‑1 (MQ=255) cTAAGTACGCAGCTGCTTGATGCCATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTGAGGCCTTAGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTCGCGGTTAtt < 1:1374587/150‑1 (MQ=255) gTACGCAGCTGCTTGATGCCATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTGAGGCCTTTGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTCGCGGTTATTGCgg < 2:2116037/150‑1 (MQ=255) gTACGCAGCTGCTTGAGGCCATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTGAGGCCTTTGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTCGCGGTTATTGCgg < 2:3943030/150‑1 (MQ=255) aCGCAGCTGCTTGATGCCATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTGAGGCCTTTGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTCGCGGTTATTGCGGTc > 2:610635/1‑150 (MQ=255) aGCTGCTTGATGCCATTATGCCGTACTGCGGTAACACCCTGCGACTGGGCGTTACCGGCACCCCCGGCGCGGGGAAAAGTACCTTTCTTGAGGCCTTTGGCATGTTGTTGATTCGAGAGGGATTAAAGGTCGCGGTTATTGCGGTCGATc < 1:1542894/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |