| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,068,854 | C→A | 42.5% | E230* (GAG→TAG) | yggF ← | fructose 1,6 bisphosphatase isozyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,068,854 | 0 | C | A | 42.5% | 332.7 / inf | 324 | E230* (GAG→TAG) | yggF | fructose 1,6 bisphosphatase isozyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (111/75); new base A (72/66); total (183/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
AAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGGCACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCACCGCCGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAA > CP009273/3068706‑3069003 | gATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTAGGCCTg < 2:485853/150‑1 (MQ=255) tatCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTCGGCCTGCa > 1:1070183/1‑150 (MQ=255) atCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTCGGCCTGCat > 2:1150603/1‑150 (MQ=255) cGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTCGGCCTGCatat < 1:73634/150‑1 (MQ=255) gTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTCGGCCTGCATATc > 1:2714262/1‑150 (MQ=255) ttCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTCGGCCTGCATATcc > 2:976561/1‑150 (MQ=255) cccccTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTAGGCCTGCATATcccc < 1:3300620/150‑1 (MQ=255) ccccTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTAGGCCTGCATATCCCCg > 2:2380072/1‑150 (MQ=255) cccTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGc > 1:369339/1‑150 (MQ=255) tCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTa > 1:48430/1‑150 (MQ=255) cACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTAGGCCTGCATATCCCCGCCTaa > 1:2338555/1‑150 (MQ=255) cAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGc < 1:1964249/150‑1 (MQ=255) cAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGc > 1:2387312/1‑150 (MQ=255) 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aaGTCAATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGGCACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCACCGCCGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATcc < 2:1241050/150‑1 (MQ=255) aaGTCAATCAGCTAGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGGCACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCACCGCCGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATcc < 2:2869205/150‑1 (MQ=255) aGTCAATCAGCTAGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGGCACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCACCGCCGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCg < 2:2718746/150‑1 (MQ=255) aGTCAATCAGCTAGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGGCACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCACCGCCGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCg > 1:1600830/1‑150 (MQ=255) gTCAATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGGCACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCACCGCCGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCgg > 2:210764/1‑150 (MQ=255) tCAATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGGCACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCACCGCCGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGc < 2:4158904/150‑1 (MQ=255) cAATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGGCACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCACCGCCGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCa < 2:733159/150‑1 (MQ=255) cAATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGGCACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCACCGCCGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCa > 1:753731/1‑150 (MQ=255) tCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGGCACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCACCGCCGATGGTGTACATCACATCGTACGGATTATCCTGCCAGCCGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAggg > 1:2927502/1‑150 (MQ=255) aGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGGCACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCACCGCCGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCa > 1:2576659/1‑150 (MQ=255) aGCTAGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGGCACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCACCGCCGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCa > 2:4004691/1‑150 (MQ=255) cTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGGCACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCACCGCCGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCaaa > 2:1287327/1‑150 (MQ=255) | AAGAGGATATCGTTCCCCCTCACCAGTTCATCGAGCGAGTACACACGGTTAACGTCAACGCCCATTGCCTTGCAACGCTTGCGCTCCTGCTCTGCAATCTGCCGATTTTCCGTGTAATCCCCTTTAGCCTGGCAAAAGTCAATCAGCTCGGCCTGCATATCCCCGCCTAATGCTTTAACGGCACAGGCAGAAATCACGCCTTCTGGCGCACCGCCGATGGTGTACATCACATCGTAAGGATTATCCTGCCAGCAGGTCAGCACGCTGGCGGCGACATCGCCATCCGGCAGGGCAAAAA > CP009273/3068706‑3069003 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |