| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 302,428 | G→T | 5.1% | P34Q (CCG→CAG) | ecpD ← | polymerized tip adhesin of ECP fibers |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 302,428 | 0 | G | T | 5.1% | 1040.8 / 20.9 | 265 | P34Q (CCG→CAG) | ecpD | polymerized tip adhesin of ECP fibers |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (121/130); new base T (10/4); total (131/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
CGAGGCTTTGCTGATAGATGGTTCCTGAACCAGTGTATTTTAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATCCGCCCAGGTTGTTTTGCTCACTGCCGCTCTGAGCGCAGTTACTGGCCAGATTAGCGCGAAAATTATCATCGTTATTAGTAGGTTAACTCTCATTCTCTTCTCCTGTCTGCGTCACCGCCGCCCACGATGAGAGGCCGCTGCA > CP009273/302279‑302577 | cGAGGCTTTGCTGATAGATGGTTCCTGAACCAGTGTATTTTAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCg > 2:1273465/1‑150 (MQ=255) gAGGCTTTGCTGATAGATGGTTCCTGAACCAGTGTATTTTAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCgg > 1:2094494/1‑150 (MQ=255) gAGGCTTTGCTGATAGATGGTTCCTGAACCAGTGTATTTTAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCgg > 2:4151121/1‑150 (MQ=255) gAGGCTTTGCTGATAGATGGTTCCTGAACCAGTGTATTTTAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCgg > 1:2002212/1‑150 (MQ=255) aGGCTTTGCTGATAGATGGTTCCTGAACCAGTGTATTTTAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGt > 2:3501573/1‑150 (MQ=255) ggCTTTGCTGATAGATGGTTCCTGAACCAGTGTATTTTAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCtgtg > 1:1155477/1‑150 (MQ=255) tGCTGATAGATGGTTCCTGAACCAGTGTATTTTAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATcc < 2:817034/150‑1 (MQ=255) tGCTGATAGATGGTTCCTGAACCAGTGTATTTTAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATcc < 1:3769573/150‑1 (MQ=255) cTGATAGATGGTTCCTGAACCAGTGTATTTTAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATCCGc > 2:3014493/1‑150 (MQ=255) cTGATAGATGGTTCCTGAACCAGTGTATTTTAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATCCGc < 2:602820/150‑1 (MQ=255) gATAGATGGTTCCTGAACCAGTGTATTTTAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATCCGccc > 1:561163/1‑150 (MQ=255) aTAGATGGTTCCTGAACCAGTGTATTTTAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATCCGCCCa > 2:1553397/1‑150 (MQ=255) aGATGGTTCCTGAACCAGTGTATTTTAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCTGTGCATCCGCCCAgg > 2:1370642/1‑150 (MQ=255) aGATGGTTCCTGAACCAGTGTATTTTAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATCCGCCCAgg > 2:535818/1‑150 (MQ=255) aTGGTTCCTGAACCAGTGTATTTTAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATCCGCCCAGgtt < 1:852608/150‑1 (MQ=255) ggTTCCTGAACCAGTGTATTTTAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATCCGCCCAGgttgt > 1:4120752/1‑150 (MQ=255) ccTGAACCAGTGTATTTTAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATCCGCCCAGGTTGTTTTg > 1:3165207/1‑150 (MQ=255) ccTGAACCAGTGTATTTTAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATCCGCCCAGGTTGTTTTg > 2:3785584/1‑150 (MQ=255) tGAACCAGTGTATTTTAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATCCGCCCAGGTTGTTTTGCt < 1:1899975/150‑1 (MQ=255) tGAACCAGTGTATTTTAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATCCGCCCAGGTTGTTTTGCt < 1:1696747/150‑1 (MQ=255) gAACCAGTGTATTTTAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATCCGCCCAGGTTGTTTTGCTc < 1:2950322/150‑1 (MQ=255) aCCAGTGTATTTTAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATCCGCCCAGGTTGTTTTGCTCAc > 1:2260727/1‑150 (MQ=255) aCCAGTGTATTTTAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATCCGCCCAGGTTGTTTTGCTCAc > 2:3674673/1‑150 (MQ=255) aCCAGTGTATTTTAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATCCGCCCAGGTTGTTTTGCTCAc > 1:3222626/1‑150 (MQ=255) cAGTGTATTTTAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATCCGCCCAGGTTGTTTTGCTCACTg > 1:3533733/1‑150 (MQ=255) aTTTTAAACCGGTCCATCGGTTGGACCCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTATCGACAAAAACAAAATCGCGTGCCGGTGCATCCGCCCAGCTACTTTAGCTCACTGCCGctc > 2:185211/1‑150 (MQ=255) ttttAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATCCGCCCAGGTTGTTTTGCTCACTGCCGctct < 1:1147033/150‑1 (MQ=255) ttttAAACCGGGCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAATAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATCCGCCCAGGTTGTTTTGCTCACTGCCGctct < 1:2594495/150‑1 (MQ=255) tttAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATCCGCCCAGGGTGTTTTGCTCACTGCCGCTCTg > 2:4131290/1‑150 (MQ=255) ttAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATCCGCCCAGGTTGTTTTGCTCACTGCCGCTCTGa < 1:1282605/150‑1 (MQ=255) ttAAACCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATCCGCCCAGGTTGTTTTGCTCACTGCCGCTCTGa > 1:2655730/1‑150 (MQ=255) aaaCCGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATCCGCCCAGGTTGTTTTGCTCACTGCCGCTCTGAgc > 1:107629/1‑150 (MQ=255) aCCGGTCCAGCTGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATCCGCCCAGGTTGTTTTGCTCACTGCCGCTCTGAgcgc > 1:1349412/1‑150 (MQ=255) ccGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCTGTGCATCCGCCCAGGTTGTTTTGCTCACTGCCGCTCTGAGCGCa > 2:1103300/1‑150 (MQ=255) cGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATCCGCCCAGGTTGTTTTGCTCACTGCCGCTCTGAGCTCAg > 2:1142959/1‑150 (MQ=255) cGGTCCAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATCCGCCCAGGTTGTTTTGCTCACTGCCGCTCTGAGCGCAg > 2:665742/1‑150 (MQ=255) cAGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATCCGCCCAGGTTGTTTTGCTCACTGCCGCTCTGAGCGCAGTTACt < 1:333880/150‑1 (MQ=255) aGCGGTTGGCACCGGTCAGGCGCGGATCCAGCGCCCCGCCAGGAGTGACGAAAAAGTTGTCGTCTGAGTTGTTTTCGACAAACACAAACTCGCGTGCCGGTGCATCCGCCCAGGTTGTTTTGCTCACTGCCGCTCTGAGCGCAGTTACTg < 1:276011/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |