Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,164,049 | G→T | 36.4% | M69I (ATG→ATT) | qseC → | quorum sensing sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with QseB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,164,049 | 0 | G | T | 36.4% | 357.6 / 227.0 | 229 | M69I (ATG→ATT) | qseC | quorum sensing sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with QseB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (55/90); new base T (46/38); total (101/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.87e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
TGGCCTCGGTGACCTGGCTGCTTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGA > CP009273/3163901‑3164198 | tGGCCTCGGTGACCTGGCTGCTTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATgg < 1:588406/150‑1 (MQ=255) gCCTCGGTGACCTGGCTGCTTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATTGca < 1:4075582/150‑1 (MQ=255) gCCTCGGTGACCTGGCTGCTTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGca > 1:3436159/1‑150 (MQ=255) tCGGTGACCTGGCTGCTTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATTGCACAg > 1:946042/1‑150 (MQ=255) tCGGTGACCTGGCTGCTTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAg < 1:667984/150‑1 (MQ=255) ggTGACCTGGCTGCTTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGAc > 2:198439/1‑150 (MQ=255) ggTGACCTGGCTGCTTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGAc > 2:3639833/1‑150 (MQ=255) gACCTGGCTGCTTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGcc < 1:2036940/150‑1 (MQ=255) ccTGGCTGCTGTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATTGCACAGACGCCaa < 2:2534727/150‑1 (MQ=255) tGGCTGCTTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAAt > 1:3212842/1‑150 (MQ=255) ggCTGCTTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATa > 2:3029362/1‑150 (MQ=255) ctgctTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGa < 1:1279027/150‑1 (MQ=255) gctTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATTGCACAGACGCCAAATAGAtt > 2:3775690/1‑150 (MQ=255) ctTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATTGCACAGACGCCAAATAGATTa < 2:4118058/150‑1 (MQ=255) ttCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTaaa < 1:2821648/150‑1 (MQ=255) ccAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAac > 1:885074/1‑150 (MQ=255) agatttGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATTGCACAGACGCCAAATAGATTAAAacac > 1:2930651/4‑150 (MQ=255) aGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAacac < 2:2388737/150‑1 (MQ=255) 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gCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATTGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGtt < 2:2379854/150‑1 (MQ=255) ccTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTtg < 1:1485630/150‑1 (MQ=255) tGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTtgat > 2:2990912/1‑150 (MQ=255) ggAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAACGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTtgatg < 1:796570/150‑1 (MQ=255) gAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTtgatga < 2:861860/150‑1 (MQ=255) aaacaaacAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATTGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGAc > 2:2376936/1‑150 (MQ=255) aacaaacaACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATTGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACg < 2:3206099/150‑1 (MQ=255) aacaaacaACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACg < 2:3656087/150‑1 (MQ=255) aacaacGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACGATgc < 2:542426/150‑1 (MQ=255) acaacGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATTGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACGATgcg > 2:3422054/1‑150 (MQ=255) 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tAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACGATGCGCTGACCtt > 2:2469668/1‑150 (MQ=255) aaCGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATTGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACGATGCGCTGACCttt < 2:44573/150‑1 (MQ=255) aaCGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACGATGCGCTGACCttt < 1:1111306/150‑1 (MQ=255) aCGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACGATGCGCTGACCTTTg > 2:921038/1‑150 (MQ=255) cGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACGATGCGCTGACCTTTGc < 2:2924550/150‑1 (MQ=255) 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aTGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACGATGCGCTGACCTTTGCCATCt < 2:3274102/150‑1 (MQ=255) gAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATTGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACGATGCGCTGACCTTTGCCATCttt < 1:1334013/150‑1 (MQ=255) gAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATATCAACGAAATCTAAGCGTATGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACTGTCATGTTGATGACGATGCGCTGACCTTTGCCATCttt < 2:3811380/150‑1 (MQ=255) aTTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATTGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTAc > 2:1558882/1‑150 (MQ=255) aTTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTAc > 2:1892784/1‑150 (MQ=255) 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aTGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCt < 1:1756260/150‑1 (MQ=255) ggCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGa > 1:3841993/1‑150 (MQ=255) | TGGCCTCGGTGACCTGGCTGCTTTCCAGCTTTGTCGCCTGGAAACAAACAACGGATAACGTCGATGAATTGTTCGACACCCAACTGATGCTGTTTGCCAAGCGGTTAAGTACGCTCGATCTCAACGAAATCAACGCGGCGGATCGCATGGCACAGACGCCAAATAGATTAAAACACGGTCATGTTGATGACGATGCGCTGACCTTTGCCATCTTTACCCACGACGGCAGAATGGTCCTTAATGATGGCGATAACGGAGAAGATATTCCCTATAGCTATCAACGGGAAGGTTTTGCTGA > CP009273/3163901‑3164198 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |