Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,211,421 | T→A | 8.3% | K339* (AAG→TAG) | aer ← | fused signal transducer for aerotaxis sensory component/methyl accepting chemotaxis component |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,211,421 | 0 | T | A | 8.3% | 702.4 / 43.9 | 216 | K339* (AAG→TAG) | aer | fused signal transducer for aerotaxis sensory component/methyl accepting chemotaxis component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (119/79); new base A (8/10); total (127/89) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.18e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.06e-01 |
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
CACTGCAAAACCTTTGCCCTGTTCGCCGGCACGCGCCGCTTCCACCGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGAAACGCAATATCGTTAATCAGCGAAGTAATGGTGCCAATGCGCTGGGTACTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCA > CP009273/3211272‑3211569 | cacTGCAAAACCTTTGCCCTGTTCGCCGGCACGCGCCGCTTCCACCGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGAAACGCAATATCGTTAATCAGCGAAGTAATGGTGCCAATGCGCTGGGTACTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCtt < 2:2016218/150‑1 (MQ=255) cacTGCAAAACCTTTGCCCTGTTCGCCGGCACGCGCCGCTTCCACCGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGAAACGCAATATCGTTAATCAGCGAAGTAATGGTGCCAATGCGCTGGGTACTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCtt > 2:3193307/1‑150 (MQ=255) cacTGCAAAACCTTTGCCCTGTTCGCCGGCACGCGCCGCTTCCACCGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGAAACGCAATATCGTTAATCAGCGAAGTAATGGTGCCAATGCGCTGGGTACTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCtt < 1:438661/150‑1 (MQ=255) cacTGCAAAACCTTTGCCCTGTTCGCCGGCACGCGCCGCTTCCACCGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGAAACGCAATATCGTTAATCAGCGAAGTAATGGTGCCAATGCGCTGGGTACTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCtt < 1:3796203/150‑1 (MQ=255) cTGCAAAACCTTTGCCCTGTTCGCCGGCACGCGCCGCTTCCACCGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGAAACGCAATATCGTTAATCAGCGAAGTAATGGTGCCAATGCGCTGGGTACTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCTTGa > 2:236848/1‑150 (MQ=255) aaaCCTTTGCCCTGTTCGCCGGCACGCGCCGCTTCCACCGCCGCATTCAGGGCCGGAATATTGGTCTGAAACGCAATATCGTTAATCAGCGAAGTAATGGTGCCAATGCGCTGGGTACTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCTTGATCAcc < 2:2641648/150‑1 (MQ=255) aCCTTTGCCCTGTTCGCCGGCACGCGCCGCTTCCACCGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGAAACGCAATATCGTTAATCAGCGAAGTAATGGTGCCAATGCGCTGGGTACTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGt > 2:2085795/1‑150 (MQ=255) tgtGCCCTGTTCGCCGGCACGCGCCGCTTCCACCGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGAAACGCAATATCGTTAATCAGCGAAGTAATGGTGCCAATGCGCTGGGTACTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGt < 2:1890902/148‑1 (MQ=255) 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tCGCCGGCACGCGCCGCTTCCACCGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGAAACGCAATATCGTTAATCAGCGAAGTAATGGTGCCAATGCGCTGGGTACTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTcc < 1:2530721/150‑1 (MQ=255) cGCCGGCACGCGCCGCTTCCACCGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGAAACGCAATATCGTTAATCAGCGAAGTAATGGTGCCAATGCGCTGGGTACTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTccc > 1:1034920/1‑150 (MQ=255) cGCCGGCACGCGCCGCTTCCACCGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGAAACGCAATATCGTTAATCAGCGAAGTAATGGTGCCAATGCGCTGGGTACTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTccc > 1:2440946/1‑150 (MQ=255) cGCCGGCACGCGCCGCTTCCACCGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGAAACGCAATATCGTTAATCAGCGAAGTAATGGTGCCAATGCGCTGGGTACTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTccc > 1:1628585/1‑150 (MQ=255) ccGGCACGCGCCGCTTCCACCGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGAAACGCAATATCGTTAATCAGCGAAGTAATGGTGCCAATGCGCTGGGTACTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCa < 1:2908574/150‑1 (MQ=255) 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ggCGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACAGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCAc > 2:3993745/1‑150 (MQ=255) gCGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCAcc < 2:2709951/150‑1 (MQ=255) gCGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCAGCCATTTGGTTCATGGTCGCCAcc > 2:1420556/1‑150 (MQ=255) cGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCg > 2:98593/1‑150 (MQ=255) cGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACCCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCg > 2:98736/1‑150 (MQ=255) gATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGt > 1:4157950/1‑150 (MQ=255) gATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGt > 2:1126292/1‑150 (MQ=255) tatCGTCCATTGTCTAGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGttt > 2:687578/1‑150 (MQ=255) atCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTg < 2:644723/150‑1 (MQ=255) tCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGa > 2:3273497/1‑150 (MQ=255) cATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAAc > 1:2150916/1‑150 (MQ=255) tGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGtt < 1:861155/150‑1 (MQ=255) tGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGtt > 2:354701/1‑150 (MQ=255) tGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGtt > 2:500740/1‑150 (MQ=255) tGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGAAGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGtt < 1:534745/150‑1 (MQ=255) tCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTAt > 1:4054851/1‑150 (MQ=255) ttGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCa < 1:2070269/150‑1 (MQ=255) | CACTGCAAAACCTTTGCCCTGTTCGCCGGCACGCGCCGCTTCCACCGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGAAACGCAATATCGTTAATCAGCGAAGTAATGGTGCCAATGCGCTGGGTACTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCA > CP009273/3211272‑3211569 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |