Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,246,634 | A→T | 35.1% | intergenic (+8/+43) | yhaI → / ← yhaJ | DUF805 family inner membrane protein/LysR family putative transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,246,634 | 0 | A | T | 35.1% | 277.4 / 269.4 | 237 | intergenic (+8/+43) | yhaI/yhaJ | DUF805 family inner membrane protein/LysR family putative transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (69/85); new base T (38/45); total (107/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 |
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
ATACCGACCGTTCAGGTGCCTGGGCCTTGCTCTTTTTTGTTCCGTTTATTGGCTGGCTCGTGCTTCTGGTTTTTTTCTGCACAGAAGGTACTTCTGGCAGCAATCGTTACGGAAACGATCCGAAGTTTGGTTCAAATTAATCTTAGAATTGGGGCGATATTTCGCCCCTTTTTATTAACAATAATAAATATTATTTTCCGTTAAAAAGTTTGGGAATTTCCCGCAGACACCAGGATTTCGCTTCCCCCATACTGTCACGACGCCAGGCCATAATAATATCGATCTCGCTGGTCGATT > CP009273/3246487‑3246783 | aTACCGACCGTTCAGGTGCCTGGGCCTTGCTCTTTTTTGTTCCGTTTATTGGCTGGCTCGTGCTTCTGGTTTTTTTCTGCACAGAAGGTACTTCTGGCAGCAATCGTTACGGAAACGATCCGAAGTTTGGTTCAAATTAATCTTAGAAtt < 1:1120960/150‑1 (MQ=255) aTACCGACCGTTCAGGTGCCTGGGCCTTGCTCTTTTTTGTTCCGTTTATTGGCTGGCTCGTGCTTCTGGTTTTTTTCTGCACAGAAGGTACTTCTGGCAGCAATCGTTACGGAAACGATCCGAAGTTTGGTTCAAATTAATCTTAGAAtt < 1:3566617/150‑1 (MQ=255) aTACCGACCGTTCAGGTGCCTGGGCCTTGCTCTTTTTTGTTCCGTTTATTGGCTGGCTCGTGCTTCTGGTTTTTTTCTGCACAGAAGGTACTTCTGGCAGCAATCGTTACGGAAACGATCCGAAGTTTGGTTCAAATTAATCTTAGAAtt < 1:1533291/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |