Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,334,892 | G→T | 25.2% | D90Y (GAT→TAT) | kdsD → | D‑arabinose 5‑phosphate isomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,334,892 | 0 | G | T | 25.2% | 510.4 / 137.3 | 210 | D90Y (GAT→TAT) | kdsD | D‑arabinose 5‑phosphate isomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (80/77); new base T (25/28); total (105/105) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
TTGCCTGTGAAAAGATGTTCTGGTGTAAAGGGAAAGTTGTCGTCATGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGC > CP009273/3334743‑3335041 | ttGCCTGTGAAAAGATGTTCTGGTGTAAAGGGAAAGTTGTCGTCATGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTg < 1:3605341/150‑1 (MQ=255) ttGCCTGTGAAAAGATGTTCTGGTGTAAAGGGAAAGTTGTCGTCATGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTg > 2:1070948/1‑150 (MQ=255) tGCCTGTGAAAAGATGTTCTGGTGTAAAGGGAAAGTTGTCGTCATGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACAGCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGa > 2:2246961/1‑150 (MQ=255) cTGTGAAAAGATGTTCTGGTGTAAAGGGAAAGTTGTCGTCATGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGAttt < 2:1154543/150‑1 (MQ=255) gtgAAAAGATGTTCTGGTGTAAAGGGAAAGTTGTCGTCATGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAg < 2:1641392/150‑1 (MQ=255) gAAAAGATGTTCTGGTGTAAAGGGAAAGTTGTCGTCATGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGc > 1:38715/1‑150 (MQ=255) aaGATGTTCTGGTGTAAAGGGAAAGTTGTCGTCATGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATg > 1:3246592/1‑150 (MQ=255) aaGATGTTCTGGTGTAAAGGGAAAGTTGTCGTCATGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATg > 2:2514079/1‑150 (MQ=255) gATGTTCTGGTGTAAAGGGAAAGTTGTCGTCATGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTTATTTAGGCATGGt > 2:378196/1‑150 (MQ=255) tGTTCTGGTGTAAAGGGAAAGTTGTCGTCATGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTTATTTAGGCATGGTTa < 1:2944837/150‑1 (MQ=255) gTTCTGGTGTAAAGGGAAAGTTGTCGTCATGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTAc > 1:1449200/1‑150 (MQ=255) tGGTGTAAAGGGAAAGTTGTCGTCATGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCca < 2:2275095/150‑1 (MQ=255) tgtAAAGGGAAAGTTGTCGTCATGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAg < 2:2717734/150‑1 (MQ=255) gtAAAGGGAAAGTTGTCGTCATGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTATTCGTCCATCCTGGTGAATCCGAGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAgg > 1:2565514/1‑150 (MQ=255) tAAAGGGAAAGTTGTCGTCATGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGa < 2:2018020/150‑1 (MQ=255) aaGGGAAAGTTGTCGTCATGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTTATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGAtg < 2:1976961/150‑1 (MQ=255) aaGGGAAAGTTGTCGTCATGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGAtg > 1:578511/1‑150 (MQ=255) aaGGGAAAGTTGTCGTCATGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGAtg > 1:1255505/1‑150 (MQ=255) aGGGAAAGTTGTCGTCATGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGAtgt < 2:420104/150‑1 (MQ=255) gggAAAGTTGTCGTCATGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGAtgtg < 2:3629983/150‑1 (MQ=255) aGTTGTCGTCATGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGAt < 2:1482741/150‑1 (MQ=255) aGTTGTCGTCATGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGAt < 1:981234/150‑1 (MQ=255) aGTTGTCGTCATGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGAt > 2:3860255/1‑150 (MQ=255) gTTGTCGTCATGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGAtt > 1:81983/1‑150 (MQ=255) cgtcATGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTTATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTAt < 2:4118557/150‑1 (MQ=255) cgtcATGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTTATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTAt < 1:3646645/150‑1 (MQ=255) tGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTTATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTa < 2:1280201/150‑1 (MQ=255) ggATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAAct < 1:2188122/150‑1 (MQ=255) aTGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAActct > 1:2658437/1‑150 (MQ=255) aTGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAActct > 1:3058989/1‑150 (MQ=255) tGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCACCGTTTGCCAGCACCGGTACACCGTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTg > 2:3521270/1‑150 (MQ=255) aaaaTCGGGGCATAGTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGa < 1:3407492/150‑1 (MQ=255) aTCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTTATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATc < 1:1186601/150‑1 (MQ=255) aTCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATc < 2:2593799/150‑1 (MQ=255) tCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATcc < 1:3908690/150‑1 (MQ=255) cGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCa < 2:459040/150‑1 (MQ=255) cGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCa > 2:3524443/1‑150 (MQ=255) ggggCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTTATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAg < 1:621444/150‑1 (MQ=255) ggCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTTATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCg < 1:1859891/150‑1 (MQ=255) ggCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTTATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCg < 1:3032746/150‑1 (MQ=255) gCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTTATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGa > 1:234047/1‑150 (MQ=255) cATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGaa > 2:2614262/1‑150 (MQ=255) tatTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAAt < 2:3713823/150‑1 (MQ=255) tGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCAc > 2:1581384/1‑150 (MQ=255) gggCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACg < 1:2233079/150‑1 (MQ=255) gggCGAAAAATGGCGGCAACGTGTGCCAGCACCGGTACACCTTCCTTTTTCGTCCATCCTGGTGTAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACg < 2:3832939/150‑1 (MQ=255) gAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTATGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCt < 1:3194432/150‑1 (MQ=255) gAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCt < 1:916115/150‑1 (MQ=255) aaaaaTGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCtt < 1:1716161/150‑1 (MQ=255) aaaaaTGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCtg > 1:2311150/1‑149 (MQ=255) aaaaTGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTTATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTa > 1:2056098/1‑150 (MQ=255) aaaTGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTaa > 2:1379006/1‑150 (MQ=255) aaTGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTTATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAAt > 2:744236/1‑150 (MQ=255) aaTGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAAt > 1:1659412/1‑150 (MQ=255) aTGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAAtt < 2:3109326/150‑1 (MQ=255) tGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTc > 1:2369867/1‑150 (MQ=255) tGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTc < 2:2349271/150‑1 (MQ=255) tGGCGGCAACGTTTACCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTc > 1:3719282/1‑150 (MQ=255) ggcggcAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTcc > 2:3972330/1‑150 (MQ=255) gcggcAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCa < 2:698243/150‑1 (MQ=255) cggcAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAg < 1:3521961/150‑1 (MQ=255) gcAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTTATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTg > 2:2252288/1‑150 (MQ=255) gcAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTg < 1:67388/150‑1 (MQ=255) cAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCCGTGc > 2:3609908/1‑150 (MQ=255) aaCGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCt < 2:1123279/150‑1 (MQ=255) aaCGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCt < 2:4016309/150‑1 (MQ=255) cGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTa > 1:3460330/1‑150 (MQ=255) gTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCGTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTaa > 1:537408/1‑150 (MQ=255) gTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTaa < 1:1281044/150‑1 (MQ=255) tttGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAg < 2:1016862/150‑1 (MQ=255) cAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCt > 1:2999050/1‑150 (MQ=255) cAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCt < 1:1418455/150‑1 (MQ=255) aGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCtt > 2:2452255/1‑150 (MQ=255) gCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTc < 1:2889482/150‑1 (MQ=255) cGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTTATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGt > 2:1639979/1‑150 (MQ=255) ggTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTa > 2:2899043/1‑150 (MQ=255) ggTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTa > 2:3095673/1‑150 (MQ=255) ccTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTTATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTa < 2:1850258/150‑1 (MQ=255) ccTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTa < 2:2396905/150‑1 (MQ=255) cTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTTATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTaa < 1:1969669/150‑1 (MQ=255) cTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTaa > 1:334608/1‑150 (MQ=255) ttCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTTATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAAt < 2:3938718/150‑1 (MQ=255) tCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTTATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATc > 2:3016283/1‑150 (MQ=255) aTTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTg > 2:2336393/1‑150 (MQ=255) tttCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCAt < 2:3060752/150‑1 (MQ=255) tttCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCAt < 2:2796023/150‑1 (MQ=255) cGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCAc > 2:3354315/1‑150 (MQ=255) ccATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCgg > 2:1813053/1‑150 (MQ=255) ccATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCgg > 1:70185/1‑150 (MQ=255) tGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGccc < 2:2182655/150‑1 (MQ=255) aaGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGgaga > 1:3746599/1‑150 (MQ=255) aaGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGgaga > 2:1953557/1‑150 (MQ=255) aGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGagag > 2:3915015/1‑150 (MQ=255) gCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGagc < 1:1070948/150‑1 (MQ=255) cgcgCATGGTTATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGagcag > 1:3625910/1‑150 (MQ=255) cgcATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAgcagca > 2:2030354/1‑150 (MQ=255) cATGGTTATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATg > 1:2498083/1‑150 (MQ=255) cATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATg < 2:4926/150‑1 (MQ=255) aTGGTTATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATgg > 1:4108879/1‑150 (MQ=255) gATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGgcgcgc > 1:1329527/1‑150 (MQ=255) | TTGCCTGTGAAAAGATGTTCTGGTGTAAAGGGAAAGTTGTCGTCATGGGGATGGGAAAATCGGGGCATATTGGGCGAAAAATGGCGGCAACGTTTGCCAGCACCGGTACACCTTCATTTTTCGTCCATCCTGGTGAAGCCGCGCATGGTGATTTAGGCATGGTTACCCCACAGGATGTGGTGATTGCTATCTCTAACTCTGGTGAATCCAGCGAAATCACGGCCTTAATTCCAGTGCTTAAGCGTCTTCACGTACCGTTAATCTGCATCACCGGTCGCCCGGAGAGCAGCATGGCGCGC > CP009273/3334743‑3335041 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |