| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,360,830 | A→T | 22.0% | A182A (GCA→GCT) | yhcF → | putative transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,360,830 | 0 | A | T | 22.0% | 608.2 / 179.6 | 268 | A182A (GCA→GCT) | yhcF | putative transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (101/108); new base T (31/28); total (132/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
AATATCGGTAGTTATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTCAGAAAAAATCGAACTTGATGGGAAAGCTGT > CP009273/3360681‑3360979 | aaTATCGGTAGTTATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCa < 1:1194492/150‑1 (MQ=255)aaTATCGGTAGTTATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCa > 2:3373319/1‑150 (MQ=255)aaTATCGGTAGTTATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCa < 2:2162176/150‑1 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tatCGGTAGTTATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGt < 1:1491116/150‑1 (MQ=255) gTAGTTATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCTGTCGATc < 2:662333/150‑1 (MQ=255) gTAGTTATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATc < 1:948641/150‑1 (MQ=255) tAGTTATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCa < 2:1671297/150‑1 (MQ=255) tAGTTATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCa < 1:3527727/150‑1 (MQ=255) 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tAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCTGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGa > 2:2073787/1‑150 (MQ=255) tAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCTGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGa > 1:2977925/1‑150 (MQ=255) tAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGa < 1:2728619/150‑1 (MQ=255) gTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTGAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGaaa < 2:2548228/150‑1 (MQ=255) gCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAaaca > 2:1138978/1‑150 (MQ=255) 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aTGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCaa < 1:54225/150‑1 (MQ=255) tGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAAc > 2:794688/1‑150 (MQ=255) gttgCCTGAAGTTAGCTGTATCAATATCTGGTGCAGATGCGGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGTCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCTACGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTc < 1:865935/147‑1 (MQ=255) tAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCTGTCGATCAAAGCTCTTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTcc > 2:1978300/1‑150 (MQ=255) tAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCTGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTcc > 1:2884428/1‑150 (MQ=255) 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aaaGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAg > 1:2614263/1‑150 (MQ=255) agagCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCTGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGc < 2:621347/150‑1 (MQ=255) gCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGAGTTAGGCGGt > 2:3355174/1‑150 (MQ=255) aTGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTc < 1:1405257/150‑1 (MQ=255) aTGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTc < 1:1000897/150‑1 (MQ=255) 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aCCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTCAGAAAAAATCGaa > 2:1821078/1‑150 (MQ=255) aCCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTCAGAAAAAATCGaa < 1:2863356/150‑1 (MQ=255) ccGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTCAGAAAAAATCGAAc < 2:1531392/150‑1 (MQ=255) cGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTCAGAAAAAATCGAACt < 2:1313297/150‑1 (MQ=255) gCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTCAGAAAAAATCGAACtt > 2:1642380/1‑150 (MQ=255) 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gCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTCAGAAAAAATCGAACTTGATGGGAAAGCt < 1:1364223/150‑1 (MQ=255) cAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTCAGAAAAAATCGAACTTGATGGGAAAGCtg < 2:1719925/150‑1 (MQ=255) | AATATCGGTAGTTATGCCGTGTTAATTGATAGCAACAACATTAGTGCCAGCAATGGTAGCCAGACGTTAGCTGTATCAATAGCAGGTGCAGATGCCGTCATAACAGGGCAAAAAAGAGCATGGCAAACGCTCACCGCTTATCCGCTTGCAGTCGATCAAAGCTATTATTACACCTTTGTAAAACCAGGTGAAACAACCCCAACTCCTGTAACGAACGCCATTATACCGCTTCAGGTGAGCGCATCTATCGCGAATGATTTAGGCGGTTCAGAAAAAATCGAACTTGATGGGAAAGCTGT > CP009273/3360681‑3360979 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |