| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,395,059 | C→A | 47.0% | V545F (GTC→TTC) | csrD ← | targeting factor for csrBC sRNA degradation |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,395,059 | 0 | C | A | 47.0% | 174.7 / inf | 261 | V545F (GTC→TTC) | csrD | targeting factor for csrBC sRNA degradation |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (52/86); new base A (50/72); total (102/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
GAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACATTGCATTAACGTATCGCGCAGCCAAC > CP009273/3394911‑3395205 | cAGGCTTCCACCAGGCTTTTAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAATTTCTTTGATCCAACTGGTACTTAACAGAGTCAAACCAGCCTGGTTGACGTCt < 2:3177841/150‑1 (MQ=255) cAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCt > 1:3892463/1‑150 (MQ=255) aGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTa < 1:1159747/150‑1 (MQ=255) cTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTAccc < 1:2421486/150‑1 (MQ=255) ttCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTCCCCg > 1:85233/1‑150 (MQ=255) caccaGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCACTGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTAc < 1:1550370/150‑1 (MQ=255) ccaGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTAccc < 2:2428085/150‑1 (MQ=255) taGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTAcccc > 1:2314749/2‑150 (MQ=255) caGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACAGTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTAcccc > 2:3966361/1‑150 (MQ=255) aGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCt < 2:121184/150‑1 (MQ=255) aGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCAGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCTACTGGTACTTACCAGAGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCt < 1:1355104/150‑1 (MQ=255) aGGCTTTGAACCAGCAGCTGGGTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCt < 2:1567522/150‑1 (MQ=255) cTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTaaa < 2:3043542/150‑1 (MQ=255) tttGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAg > 2:183820/1‑150 (MQ=255) tttGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAg > 2:2514166/1‑150 (MQ=255) ttGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGc < 2:2940368/150‑1 (MQ=255) ttGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGc < 2:3285038/150‑1 (MQ=255) aaCCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCAtt < 2:3401118/150‑1 (MQ=255) gcagcTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTa < 2:374976/150‑1 (MQ=255) gcagcTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTa < 2:436283/150‑1 (MQ=255) cagcTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCT‑AAGCAATCACaaaa > 1:201289/1‑150 (MQ=255) cagcTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTaa > 2:1404899/1‑150 (MQ=255) agcTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTaaa > 1:412936/1‑150 (MQ=255) ggTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGANCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGaa > 1:3852196/1‑150 (MQ=255) gTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAAt > 2:2625363/1‑150 (MQ=255) ttCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATa < 1:2449034/150‑1 (MQ=255) ttCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATa < 1:3347901/150‑1 (MQ=255) tctcCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATaa > 2:247422/1‑150 (MQ=255) ccGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAg < 1:1039723/150‑1 (MQ=255) gCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTa > 2:3546177/1‑150 (MQ=255) gCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTa > 1:3181768/1‑150 (MQ=255) gCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTa < 1:3864553/150‑1 (MQ=255) ttCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTaaa < 1:3142218/150‑1 (MQ=255) ttCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTaaa > 2:1731360/1‑150 (MQ=255) tctcAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAAc < 1:3007202/150‑1 (MQ=255) tctcAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAAc < 1:2978717/150‑1 (MQ=255) ctcAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACg > 1:3817657/1‑150 (MQ=255) tcAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGa < 2:1363693/150‑1 (MQ=255) 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gCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTa < 1:976299/150‑1 (MQ=255) cccGGATGGAGCTTGATTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACa < 2:3928989/150‑1 (MQ=255) ccGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACAt < 1:2066468/150‑1 (MQ=255) cGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTACTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATc < 1:2540106/150‑1 (MQ=255) aTGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGc > 1:3339696/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |