Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,544,521 | G→T | 24.8% | H438N (CAC→AAC) | malP ← | maltodextrin phosphorylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,544,521 | 0 | G | T | 24.8% | 644.3 / 168.1 | 258 | H438N (CAC→AAC) | malP | maltodextrin phosphorylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (120/73); new base T (35/29); total (156/102) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.05e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
CAGATTGATCAGCTGATCGAGATCGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTCACCACCAGATCCGAGTGCAGCGCCGCAACACCGTTCACCGCGAAACCGCCAACCACACACAGGTTCGCCATATGCACTTGTTTGTCGTGCACCACCGCCAGTTTGGCCCACACTTTTTCATCGCCCG > CP009273/3544372‑3544670 | cAGATTGATCAGCTGATCGAGATCGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTg > 1:2310593/1‑150 (MQ=255) aGATTGATCAGCTGATCGAGATCGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGa > 1:333730/1‑150 (MQ=255) tGATCAGCTGATCGAGATCGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATAtt < 2:1003512/150‑1 (MQ=255) aTCAGCTGATCGAGATCGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTcc < 1:2128474/150‑1 (MQ=255) aTCAGCTGATCGAGATCGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTcc < 1:2767484/150‑1 (MQ=255) aTCAGCTGATCGAGATCGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTcc > 2:4046775/1‑150 (MQ=255) tCAGCTGATCGAGATCGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCg < 1:4090297/150‑1 (MQ=255) tCAGCTGATCGAGATCGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCg < 1:4089782/150‑1 (MQ=255) cAGCTGATCGAGATCGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCgg > 2:3889579/1‑150 (MQ=255) aGCTGATCGAGATCGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCggg > 1:2586933/1‑150 (MQ=255) tGATCGAGATCGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAAc > 2:2041218/1‑150 (MQ=255) gATCGAGATCGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACa > 1:125496/1‑150 (MQ=255) gagaTCGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATc > 1:3018966/1‑150 (MQ=255) gaTCGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTTATATTCCGGGAACAGATCtt < 2:659242/150‑1 (MQ=255) gaTCGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTTATATTCCGGGAACAGATCtt < 2:2867173/150‑1 (MQ=255) gaTCGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCtt < 1:2845935/150‑1 (MQ=255) aTCGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCttt < 1:1072453/150‑1 (MQ=255) cGTTAGCCCACTCTTTTTGCAGTGATTTATCCAACAGAGCCGCCAGTGCCGGGTTGCACTGTTTGATCCAGCGACGTGGGGTAATACCGTTGGTGACGTTATGGAATTTGTTCGGCCATAGCTGGTGATATTCCGGGAACAGATCTTTca > 2:3711373/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |