| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,680,910 | G→T | 100% | H542N (CAT→AAT) | bcsC ← | cellulose synthase subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,680,910 | 0 | G | T | 98.0% | 846.6 / 7.3 | 249 | H542N (CAT→AAT) | bcsC | cellulose synthase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/3); new base T (140/104); total (142/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
TGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATGACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTGCGCCAGATTGCGCATTAACGTATCGGCCTGGCTGCGTTGTCCGGCCTGCCAGAGATCCTGCGAAAGTCGGTAAGTAATCCATACGCTGC > CP009273/3680764‑3681056 | tGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTAcc > 2:3556188/1‑150 (MQ=255) ctTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCTGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAAGAGTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCagaga < 2:3864142/150‑1 (MQ=255) ctTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCagaga > 1:666191/1‑150 (MQ=255) ctTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCagaga > 1:1218471/1‑150 (MQ=255) ttGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAgg > 2:1310299/1‑150 (MQ=255) cGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACa > 1:3118804/1‑150 (MQ=255) cGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAAACATCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTTCCAGAGAGGTACa > 2:2547361/1‑150 (MQ=255) gCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAg < 2:3657302/150‑1 (MQ=255) tttCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGcc > 2:4070800/1‑150 (MQ=255) tttCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGcc > 2:3173280/1‑150 (MQ=255) tctcGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCg < 1:2903687/150‑1 (MQ=255) ctcGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTCCAGCCCGt > 2:3432234/1‑150 (MQ=255) gCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAg < 2:483989/150‑1 (MQ=255) gCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAg < 1:3100663/150‑1 (MQ=255) cAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGc < 2:1012716/150‑1 (MQ=255) aGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCg < 2:3024300/150‑1 (MQ=255) aGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCg > 2:3627437/1‑150 (MQ=255) gCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTa < 2:1921476/150‑1 (MQ=255) ggTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTaaa > 2:695248/1‑150 (MQ=255) tAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCt < 1:2776575/150‑1 (MQ=255) tAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCt > 2:2500756/1‑150 (MQ=255) cGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCt > 1:3758074/1‑150 (MQ=255) ggTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTc > 1:2576873/1‑150 (MQ=255) ggTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTc < 1:2813498/150‑1 (MQ=255) tCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCggg < 2:2197315/150‑1 (MQ=255) ccAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGt < 2:868684/150‑1 (MQ=255) cAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTc < 1:1988863/150‑1 (MQ=255) aGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCg > 2:55080/1‑150 (MQ=255) aCCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTc < 2:2947394/150‑1 (MQ=255) ccTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCg > 2:3759956/1‑150 (MQ=255) cTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGa > 1:1591531/1‑150 (MQ=255) aTCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACtt > 2:212821/1‑150 (MQ=255) tCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTc > 1:1752459/1‑150 (MQ=255) cGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCCGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTct > 1:1888988/1‑150 (MQ=255) cGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTct < 1:621883/150‑1 (MQ=255) cGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTct > 2:3521269/1‑150 (MQ=255) cGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATGACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTct < 1:2118684/150‑1 (MQ=255) gCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTctg > 1:3338244/1‑150 (MQ=255) ttGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTctgctg > 2:4175111/1‑150 (MQ=255) ttGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTctgctg < 1:3936560/150‑1 (MQ=255) ttGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTctgctg < 1:3545991/150‑1 (MQ=255) gCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTgcg < 2:2391296/150‑1 (MQ=255) gCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACGTCTGCTgcg > 1:2778613/1‑150 (MQ=255) aGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTGCGcc < 2:797571/150‑1 (MQ=255) gTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTGCGCCa < 1:3750892/150‑1 (MQ=255) gTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTGCGCCa < 1:3248820/150‑1 (MQ=255) gATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTGCGCCAGAt < 2:1497257/150‑1 (MQ=255) aTTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTGCGCCAGAtt < 2:868156/150‑1 (MQ=255) ttAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTGCGCCAGATTg > 2:2470085/1‑150 (MQ=255) aaCCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTGCGCCAGATTgcg > 2:2676834/1‑150 (MQ=255) cAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTGCGCCAGATTGCGCAt > 1:3461564/1‑150 (MQ=255) gCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTGCGCCAGATTGCGCATTa < 2:1366087/150‑1 (MQ=255) cTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTGCGCCAGATTGCGCATTaa > 1:1805139/1‑150 (MQ=255) 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tGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTGCGCCAGATTGCGCATTAACGTATCGGCCTGGCTGCGTTGTCCGGCCTGCCAGAGATCCt < 1:836448/150‑1 (MQ=255) atGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTGCGCCAGATTGCGCATTAACGTATCGGCCTGGCTGCGTTGTCCGGCCTGCCAGAGATCCTGCGa < 2:1567410/150‑1 (MQ=255) atGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTGCGCCAGATTGCGCATTAACGTATCGGCCTGGCTGCGTTGTCCGGCCTGCCAGAGATCCTGCGa > 1:1067546/1‑150 (MQ=255) gcgcCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTGCGCCAGATTGCGCATTAACGTATCGGCCTGGCTGCGTTGTCCGGCCTGCCAGAGATCCTGCGaaa < 2:146471/150‑1 (MQ=255) gcgcCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATTACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTGCGCCAGATTGCGCATTAACGTATCGGCCTGGCTGCGTTGTCCGGCCTGCCAGAGATCCTGCGaaa < 1:608251/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |