| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,779,927 | T→A | 6.1% | G436G (GGT→GGA) | gpmM → | phosphoglycero mutase III, cofactor‑independent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 3,779,927 | 0 | T | A | 6.1% | 894.0 / 36.1 | 263 | G436G (GGT→GGA) | gpmM | phosphoglycero mutase III, cofactor‑independent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (118/129); new base A (6/10); total (124/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
CAAGAGCGGCAAATACGACACCATCATCTGTAACTATCCGAACGGCGACATGGTAGGTCACACCGGGGTGATGGAAGCGGCGGTTAAAGCGGTTGAAGCGCTGGATCACTGCGTGGAAGAAGTCGCGAAAGCGGTTGAGTCCGTGGGTGGACAACTGCTGATCACCGCTGACCACGGTAACGCTGAGCAGATGCGCGATCCGGCAACGGGTCAGGCACACACGGCACACACCAACCTGCCAGTTCCGCTGATTTACGTTGGTGATAAGAACGTGAAAGCGGTTGAAGGCGGCAAAC > CP009273/3779780‑3780075 | cAAGAGCGGCAAATCCGACACCATCATCTGTAACTATCCGAACGGCGACATGGTAGGTCACACCGGGGTGATGGAAGCGGCGGTTAAAGCGGTTGAAGCGCTGGATCACTGCGTGGAAGAAGTCGCGAAAGCGGTTGAGTCCgtgggtgg < 2:75957/150‑1 (MQ=255) aaGAGCGGCAAATACGACACCATCATCTGTAACTATCCGAACGGCGACATGGTAGGTCACACCGGGGTGATGGAAGCGGCGGTTAAAGCGGTTGAAGCGCTGGATCACTGCGTGGAAGAAGTCGCGAAAGCGGTTGAGTCCGTGGGTGGa > 1:1770085/1‑150 (MQ=255) aaGAGCGGCAAATACGACACCATCATCTGTAACTATCCGAACGGCGACATGGTAGGTCACACCGGGGTGATGGAAGCGGCGGTTAAAGCGGTTGAAGCGCTGGATCACTGCGTGGAAGAAGTCGCGAAAGCGGTTGAGTCCGTGGGTGGa > 2:2623024/1‑150 (MQ=255) agagCGGCAAATACGACACCATCATCTGTAACTATCCGAACGGCGACATGGTAGGTCACACCGGGGTGATGGAAGCGGCGGTTAAAGCGGTTGAAGCGCTGGATCACTGCGTGGAAGAAGTCGCGAAAGCGGTTGAGTCCGTGGGTGGAc > 2:85274/1‑150 (MQ=255) gagCGGCAAATATGACACCATCATCTGTAACTATCCGAACGGCGACATGGTAGGTCACACCGGGGTGATGGAAGCGGCGGTTAAAGCGGTTGAAGCGCTGGATCACTGCGTGGAAGAAGTCGCGAAAGCGGTTGAGTCCGTGGGTGGACa > 1:1348704/1‑150 (MQ=255) cGGCAAATACGACACCATCATCTGTAACTATCCGAACGGCGACATGGTAGGTCACACCGGGGTGATGGAAGCGGCGGTTAAAGCGGTTGAAGCGCTGGATCACTGCGTGGAAGAAGTCGCGAAAGCGGTTGAGTCCGTGGGTGGACAAct < 1:2187394/150‑1 (MQ=255) ggCAAATACGACACCATCATCTGTAACTATCCGAACGGCGACATGGTAGGTCACACCGGGGTGATGGAAGCGGCGGTTAAAGCGGTTGAAGCGCTGGATCACTGCGTGGAAGAAGTCGCGAAAGCGGTTGAGTCCGTGGGTGGACAActg < 1:3164982/150‑1 (MQ=255) ggCAAATACGACACCATCATCTGTAACTATCCGAACGGCGACATGGTAGGTCACACCGGGGTGATGGAAGCGGCGGTTAAAGCGGTTGAAGCGCTGGATCACTGCGTGGAAGAAGTCGCGAAAGCGGTTGAGTCCGTGGGAGGACAActg < 2:2231899/150‑1 (MQ=255) aaTACGACACCATCATCTGTAACTATCCGAACGGCGACATGGTAGGTCACACCGGGGTGATGGAAGCGGCGGTTAAAGCGGTTGAAGCGCTGGATCACTGCGTGGAAGAAGTCGCGAAAGCGGTTGAGTCCGTGGGTGGACAACTGCTGa < 1:3320227/150‑1 (MQ=255) aaTACGACACCATCATCTGTAACTATCCGAACGGCGACATGGTAGGTCACACCGGGGTGATGGAAGCGGCGGTTAAAGCGGTTGAAGCGCTGGATCACTGCGTGGAAGAAGTCGCGAAAGCGGTTGAGTCCGTGGGTGGACAACTGCTGa < 2:3485928/150‑1 (MQ=255) tACGACACCATCATCTGTAACTATCCGAACGGCGACATGGTAGGTCACACCGGGGTGATGGAAGCGGCGGTTAAAGCGGTTGAAGCGCTGGATCACTGCGTGGAAGAAGTCGCGAAAGCGGTTGAGTCCGTGGGTGGACAACTGCTGATc < 1:143239/150‑1 (MQ=255) tACGACACCATCATCTGTAACTATCCGAACGGCGACATGGTAGGTCACACCGGGGTGATGGAAGCGGCGGTTAAAGCGGTTGAAGCGCTGGATCACTGCGTGGAAGAAGTCGCGAAAGCGGTTGAGTCCGTGGGAGGACAACTGCTGATc > 2:273835/1‑150 (MQ=255) aCGACACCATCATCTGTAACTATCCGAACGGCGACATGGTAGGTCACACCGGGGTGATGGAAGCGGCGGTTAAAGCGGTTGAAGCGCTGGATCACTGCGTGGAAGAAGTCGCGAAAGCGGTTGAGTCCGTGGGTGGACAACTGCTGATCa > 2:2279332/1‑150 (MQ=255) aCGACACCATCATCTGTAACTATCCGAACGGCGACATGGTAGGTCACACCGGGGTGATGGAAGCGGCGGTTAAAGCGGTTGAAGCGCTGGATCACTGCGTGGAAGAAGTCGCGAAAGCGGTTGAGTCCGTGGGTGGACAACTGCTGATCa > 2:4143510/1‑150 (MQ=255) gACACCATCATCTGTAACTATCCGAACGGCGACATGGTAGGTCACACCGGGGTGATGGAAGCGGCGGTTAAAGCGGTTGAAGCGCTGGATCACTGCGTGGAAGAAGTCGCGAAAGCGGTTGAGTCCGTGGGTGGACAACTGCTGATCAcc < 1:819456/150‑1 (MQ=255) atcatcTGTAACTATCCGAACGGCGACATGGTAGGTCACACCGGGGTGATGGAAGCGGCGGTTAAAGCGGTTGAAGCGCTGGATCACTGCGTGGAAGAAGTCGCGAAAGCGGTTGAGTCCGTGGGTGGACAACTGCTGATCACCGCTGAc > 2:2007207/1‑150 (MQ=255) tcatcTGTAACTATCCGAACGGCGACATGGTAGGTCACACCGGGGTGATGGAAGCGGCGGTTAAAGCGGTTGAAGCGCTGGATCACTGCGTGGAAGAAGTCGCGAAAGCGGTTGAGTCCGTGGGTGGACAACTGCTGATCACCGCTGAcc < 2:3295696/150‑1 (MQ=255) catcTGTAACTATCCGAACGGCGACATGGTAGGTCACACCGGGGTGATGGAAGCGGCGGTTAAAGCGGTTGAAGCGCTGGATCACTGCGTGGAAGAAGTCGCGAAAGCGGTTGAGTCCGTGGGTGGACAACTGCTGATCACCGCTGACCa > 1:1188078/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |