| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,793,653 | G→T | 44.3% | R225S (CGT→AGT) | waaY ← | lipopolysaccharide core biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 3,793,653 | 0 | G | T | 44.3% | 208.0 / inf | 248 | R225S (CGT→AGT) | waaY | lipopolysaccharide core biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (80/58); new base T (45/65); total (125/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.04e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
TTTTCAATCAGGTTTTCAACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAACGCCGCATAAAATTGCGCATTTTTTTACGATATACTAAAAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCTTTACGCTGCGCTGAAGCACGCTTTCCGGAGAGATCGATAA > CP009273/3793504‑3793802 | ttCAATCAGGTTTTCAACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAAcgcc > 2:698692/1‑150 (MQ=255) ttCAATCAGGTTTTCAACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAAcgcc > 1:869274/1‑150 (MQ=255) tCAATCAGGTTTTCAACATCTTTTTTGTCAATGTATCTAATATTCTTCATGATAAACCTGTGAAATAAATAACTCCGCTTAAAACTGTCCTGGTGAAGACATGTAATTGTGGGATTTTTTTTAGCGCGCTGGTTTCCCTTTCAAActccg > 2:1570432/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |