| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,793,839 | G→T | 8.5% | R163S (CGT→AGT) | waaY ← | lipopolysaccharide core biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 3,793,839 | 0 | G | T | 8.5% | 1135.2 / 47.0 | 298 | R163S (CGT→AGT) | waaY | lipopolysaccharide core biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (130/141); new base T (16/11); total (146/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
AAGATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCTTTACGCTGCGCTGAAGCACGCTTTCCGGAGAGATCGATAATTCGAACCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGTTGATGTAAGGCATTAATTGATTGCTGAATTTTATTTTTTAGCGCATCATCAATATCGGGCATATCACACAACTCTATGCCATCAATATACTCGATGATCATGATATAAGTATGGACAAAAC > CP009273/3793690‑3793988 | gATAATAGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCTTTACGCTGCGCTGAAGCACGCTTTCCGGAGAGATCGATAATTCGAACCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGAt > 1:189149/1‑150 (MQ=255) taataGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCTTTACGCTGCGCTGAAGCACGCTTTCCGGAGAGATCGATAATTCGAACCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACTATgg > 2:1139315/1‑150 (MQ=255) taataGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCTTTACGCTGCGCTGAAGCACGCTTTCCGGAGAGATCGATAATTCGAACCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATgg > 2:2531307/1‑150 (MQ=255) aataGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCTTTACGCTGCGCTGAAGCACGCTTTCCGGAGAGATCGATAATTCGATCCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATggg > 2:3074717/1‑150 (MQ=255) aataGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCTTTACGCTGCGCTGAAGCACGCTTTCCGGAGAGATCGATAATTCGAACCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATggg > 2:4002361/1‑150 (MQ=255) aataGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCTTTACGCTGCGCTGAAGCACGCTTTCCGGAGAGATCGATAATTCGAACCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATggg < 1:184153/150‑1 (MQ=255) aataGCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCTTTACGCTGCGCTGAAGCACGATTTCCGGAGAGATCGATAATTCGAACCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATggg < 1:3669510/150‑1 (MQ=255) aataGCCTAGATCTCTAATCTCATTATTAATACCGAAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCTTTACGCTGCGCTGAAGCACGCTTTCCGGAGAGATCGATAATTCGAGCCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATggg > 2:3535963/1‑150 (MQ=255) gCCTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCTTTACGCTGCGCTGAAGCACGCTTTCCGGAGAGATCGATAATTCGAACCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTc < 1:1384749/150‑1 (MQ=255) ccTAGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCTTTACGCTGCGCTGAAGCACGCTTTCCGGAGAGATCGATAATTCGAACCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTCg < 1:3607734/150‑1 (MQ=255) aGATCTCTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCTTTACGCTGCGCTGAAGCACGCTTTCCGGAGAGATCGATAATTCGAACCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCa > 2:3658288/1‑150 (MQ=255) tctcTAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCTTTACGCTGCGCTGAAGCACGCTTTCCGGAGAGATCGATAATTCGAACCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACTATGGGGGTCGCCAGaa > 1:1965141/1‑150 (MQ=255) ctAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCTTTACGCTGCGCTGAAGCACGCTTTCCGGAGAGATCGATAATTCGAACCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCAGAAAcc < 1:3473467/150‑1 (MQ=255) ctAATCTCATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCTTTACGCTGCGCTGAAGCACGCTTTCCGGAGAGATCGATAATTCGAACCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCAGAAAcc > 2:1197583/1‑150 (MQ=255) cATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCTTTACGCTGCGCTGAAGCACGCTTTCCGGAGAGATCGATAATTCGAACCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCAGAAAccatgccat < 2:1836042/150‑1 (MQ=255) cATTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCTTTACGCTGCGCTGAAGCACGCTTTCCGGAGAGATCGATAATTCGAACCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCAGAAAccatgccat > 1:330467/1‑150 (MQ=255) aTTTTTAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCTTTACGCTGCGCTGAAGCACGCTTTCCGGAGAGATCGATAATTCGAACCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCAGAAAccatgccatg > 1:3421203/1‑150 (MQ=255) tttttAATACCGTAATGACGCTCTAAGTCAATACGATCTTTCGCTTTACGCTGCGCTGAAGCACGCTTTCCGGAGAGATCGATAATTCGAACCTCACCATTTTTTATAATGAAGTTACCACGATGGGGGTCGCCAGAAACCATGCCATGt < 1:247148/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |