Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,879,501 | T→A | 45.2% | F356I (TTC→ATC) | yidC → | membrane protein insertase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,879,501 | 0 | T | A | 45.2% | 106.6 / inf | 272 | F356I (TTC→ATC) | yidC | membrane protein insertase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (62/87); new base A (66/57); total (128/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.17e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
CCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGAAGATTCAGGCAATGCGTGAGCGTCTGGGCGATGACAAACAGCGTATCAGC > CP009273/3879352‑3879650 | cccTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCt < 2:3730257/150‑1 (MQ=255) cTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCAtc > 1:2506035/1‑150 (MQ=255) tgtgGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCAtct > 2:208935/1‑150 (MQ=255) tgGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTcc < 2:1109822/150‑1 (MQ=255) gggTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCa < 2:1253407/150‑1 (MQ=255) gggTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCa > 1:1476152/1‑150 (MQ=255) gTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCATCTCCAtt < 2:785963/150‑1 (MQ=255) gTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCATCTCCAtt < 2:3171939/150‑1 (MQ=255) 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tGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGAAGATTCAGGCAATGCGTGAGCGTCTGGGCGATGACAAACAGCGt < 2:3582653/150‑1 (MQ=255) cTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGAAGATTCAGGCAATGCGTGAGCGTCTGGGCGATGACAAACAGCGTATCAg < 1:790146/150‑1 (MQ=255) | CCCTGTGGGTTGGCCCGGAAATCCAGGACAAAATGGCAGCTGTTGCTCCGCACCTGGATCTGACCGTTGATTACGGTTGGTTGTGGTTCATCTCTCAGCCGCTGTTCAAACTGCTGAAATGGATCCATAGCTTTGTGGGTAACTGGGGCTTCTCCATTATCATCATCACCTTTATCGTTCGTGGCATCATGTACCCGCTGACCAAAGCGCAGTACACCTCCATGGCGAAGATGCGTATGTTGCAGCCGAAGATTCAGGCAATGCGTGAGCGTCTGGGCGATGACAAACAGCGTATCAGC > CP009273/3879352‑3879650 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |