Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,926,831 | G→T | 94.1% | D41Y (GAT→TAT) | rbsD → | putative cytoplasmic sugar‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,926,831 | 0 | G | T | 94.1% | 579.9 / 27.4 | 188 | D41Y (GAT→TAT) | rbsD | putative cytoplasmic sugar‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/5); new base T (87/90); total (93/95) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.09e-01 |
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
CGAAACGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCGATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAACTCCACGAAACGTTGCTCACTCACCTTGAG > CP009273/3926684‑3926977 | cGAAACGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCTat < 1:2002294/150‑1 (MQ=255) aaCGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCTATATg > 1:2706617/1‑150 (MQ=255) aaCGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCTATATg < 1:3042137/150‑1 (MQ=255) 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aTCTATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAACTCCACGAAACGTTGCTCACTCACCTTGag < 1:3887712/150‑1 (MQ=255) aTCTATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAACTCCACGAAACGTTGCTCACTCACCTTGag < 1:3887755/150‑1 (MQ=255) | CGAAACGTTTCGCTGATGGAGAAAAAAATGAAAAAAGGCACCGTTCTTAATTCTGATATTTCATCGGTGATCTCCCGTCTGGGACATACCGATACGCTGGTGGTGTGTGATGCTGGTTTACCCATCCCCAAAAGTACAACGCGTATCGATATGGCATTAACCCAGGGTGTACCTTCTTTTATGCAGGTGCTGGGCGTCGTCACAAATGAAATGCAGGTCGAGGCGGCCATTATCGCGGAAGAGATCAAACACCATAATCCGCAACTCCACGAAACGTTGCTCACTCACCTTGAG > CP009273/3926684‑3926977 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |