| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,019,131 | G→T | 9.4% | D262Y (GAT→TAT) | ubiD → | 3‑octaprenyl‑4‑hydroxybenzoate decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,019,131 | 0 | G | T | 9.4% | 949.2 / 47.9 | 254 | D262Y (GAT→TAT) | ubiD | 3‑octaprenyl‑4‑hydroxybenzoate decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (101/129); new base T (11/13); total (112/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
GAACGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGCCAGTGCGGAGATTGTGCTGGAAGGGTATATCGAACAAGGCGAAACTGCGCCGGAAGGGCCGTATGGCGACCACACCGGTTACTATAATGAAGTCGATAGTTTCCCGGTATTTACCGTGACGCATATTACCCAG > CP009273/4018984‑4019280 | aaCGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATc < 2:1206448/150‑1 (MQ=255) aCGTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCt < 1:1552853/150‑1 (MQ=255) cGTTTCCCGGGTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGTTTCGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCtt < 1:2374988/150‑1 (MQ=255) gTTTCCCGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTg > 2:3667822/1‑150 (MQ=255) cccGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGt < 1:1491988/150‑1 (MQ=255) ccGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTg < 2:920087/150‑1 (MQ=255) ccGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTg < 2:2216127/150‑1 (MQ=255) cGGTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGc < 2:1282904/150‑1 (MQ=255) ggTTTCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGcc > 1:3066417/1‑150 (MQ=255) tttCTGTGGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATTATCTTGAAGTGCCCg < 1:3007559/150‑1 (MQ=255) gtgGCGCTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGCCAGt > 2:763934/1‑150 (MQ=255) cgcTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGCCAGTGCgg < 2:2783411/150‑1 (MQ=255) cTGGGTGCCGATCCCGCCACGATTCTCGGTGCAGTCACTCCCGTTCCGGATACGCTTTCAGAGTATGCGTTTGCCGGATTGCTACGTGGCACCAAGACCGAAGTGGTGAAGTGTATCTCCAATGATCTTGAAGTGCCCGCCAGTGCGgag < 1:890920/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |