| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,260,550 | C→T | 10.1% | intergenic (‑126/‑189) | tdcA ← / → tdcR | tdc operon transcriptional activator/L‑threonine dehydratase operon activator protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,260,550 | 0 | C | T | 10.1% | 868.4 / 58.8 | 269 | intergenic (‑126/‑189) | tdcA/tdcR | tdc operon transcriptional activator/L‑threonine dehydratase operon activator protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (124/115); new base T (18/9); total (143/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
TTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCTGATTTTTGTC‑AAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAA > CP009273/3260401‑3260699 | gaagaagaaTAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTa > 1:2571694/1‑150 (MQ=255) aagaagaaTAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTaa > 2:428001/1‑150 (MQ=255) agaaTAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAatat < 1:740771/150‑1 (MQ=255) agaaTAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAatat < 2:1032428/150‑1 (MQ=255) agaaTAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAAAGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTATCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAatat > 1:1564209/1‑150 (MQ=255) gaaTAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATc < 2:2897377/150‑1 (MQ=255) aaTAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATca > 2:2363478/1‑150 (MQ=255) tAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATcaac < 2:3388848/150‑1 (MQ=255) tAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATcaac < 1:3918526/150‑1 (MQ=255) aGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTNATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATcaaca > 1:4283359/1‑150 (MQ=255) tGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAg > 1:1311199/1‑150 (MQ=255) cTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGtt > 2:1117092/1‑150 (MQ=255) tCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTa < 1:4172701/150‑1 (MQ=255) 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aTTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCAt < 2:2450073/150‑1 (MQ=255) cATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTTTCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCt < 2:2679909/150‑1 (MQ=255) cATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCt < 2:4180707/150‑1 (MQ=255) cATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCt < 2:4075588/150‑1 (MQ=255) aTTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCTg < 1:2709312/150‑1 (MQ=255) 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aCCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCTGATTTTTGTC‑AAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCa < 1:2347387/150‑1 (MQ=255) ccTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCTGATTTTTGTC‑AAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCaa > 1:4562150/1‑150 (MQ=255) | TTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGACGGCATGAAGTGTATCAAAATGAAATGAACAGGATATGTGCGACCACTCACAAATTAACTTTCAATACTTTCCAGAGTATCGTTATTACAATTAAATACCTTTAAATATCAACAAGTTAAAGTATAAAAATCAGCATAAACCCTGATTTTTGTC‑AAAAAAAATGACGGGGATAACCATATTTTATGGCGATAACATCATTCGTTATGTGGTTAATACAAAAAAGGGGCTGAGACCATATTTCAAGCAA > CP009273/3260401‑3260699 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |