| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,311,841 | C→A | 9.2% | intergenic (‑193/‑155) | metY ← / → argG | tRNA‑Met/argininosuccinate synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,311,841 | 0 | C | A | 9.2% | 1034.1 / 47.6 | 278 | intergenic (‑193/‑155) | metY/argG | tRNA‑Met/argininosuccinate synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (123/128); new base A (14/13); total (137/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
AATACTGCTGGGATTTGGTGTACCGAGACGGGACGTAAAATCTGCAGGCATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCTTAAGCGCATTATTTTAC‑AAAAAACACACTAAACTCTTCCTGTCTCCGATAAAAGATGATTAAATGAAAACTCATTTATTTTGCATAAAAATTCAGTGAGAGCGGAAATCCAGGCTCATCATCAGTTAATTAAGCAGGGTGT > CP009273/3311692‑3311989 | aaTACTGCTGGGATTTGGTGTACCGAGACGGGACGTAAAATCTGCAGGCATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGc > 1:3339794/1‑150 (MQ=255) aTACTGCTGGGATTTGGTGTACCGAGACGGGACGTAAAATCTGCAGGCATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGct > 2:1185663/1‑150 (MQ=255) gggATTTGGTGTACCGAGACGGGACGTAAAATCTGCAGGCATTATAGTGATCCACGCCACATTTTGTCAACGTTTATTGCTAATCATGTGAATGAATATCCAGTTCACTTTCATTTGTTGAATACTTTTGCCTTCTCCTGCTCTCCCtga < 2:4181021/150‑3 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |