| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,334,464 | C→A | 11.2% | S277R (AGC→AGA) | yrbG → | putative calcium/sodium:proton antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,334,464 | 0 | C | A | 11.2% | 1008.5 / 68.2 | 284 | S277R (AGC→AGA) | yrbG | putative calcium/sodium:proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (145/107); new base A (19/13); total (164/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
GCAATAGCGGGGGTTCGCAAAGGTGAAAACGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGCGTGATGTTGCTGGTGAGCATTATTTTTGCGTTGCTGTGCTGGCGGCGCTCCCCGCAACCGGGCCGTGGTGTAGGGGTATTATTAACTGGCGGATTTATCGTATGGCTGGCGATGTTGTACTGGTTATCGCCAATACTCGTTGAATAACT > CP009273/3334315‑3334613 | aTAGCGGGGGTTCGCAAAGGTGAAAACGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGAGTg > 1:1941525/1‑150 (MQ=255) gCGGGGGTTCGCAAAGGTGAAAACGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTACTATTGTCATCGTGTTGGGTTTACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGCGTGATg < 2:4454520/150‑1 (MQ=255) cGGGGGTTCGCAAAGGTGAAAACGACATTGCTGTCGGAAATATCATTGGCGCAAACATTTTTAATATTGTCATCGTGTTGGGTTCACCCGCGCTGATAACGCCAGGAGAGATTGATCCACTGGCGTACAGTCGTGACTACAGCGTGATGt > 2:1156028/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |