| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 294,344 | C→A | 6.0% | V32L (GTA→TTA) | paoD ← | moco insertion factor for PaoABC aldehyde oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 294,344 | 0 | C | A | 6.0% | 1295.1 / 32.8 | 341 | V32L (GTA→TTA) | paoD | moco insertion factor for PaoABC aldehyde oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (134/184); new base A (6/15); total (140/201) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 344 total aligned reads displayed.
AGCGGCCTCCACGCAGCCGCCAGAGACAAAACCGCAGTAACGACCATCTTCGCGCACCACCATCTGCGCCCCGAGCGGGCGCGCCGCGCCGCCGCGTATCTCCACCAGCGTCACCAGCACCGCTCCTTTACCGGACATTAGCGCCTCTACGGCGAAGCGCAGAATGGTCCGGTGGTCATCGGTGAGAAACGCCTGCTCTGGCTTATGCCAGTGTTCGTCTTTGTCAAAAAGCGGGTATGACATTGTTCCTCCTTAAACCACATCCGGCAGCTTATCGAGCAGCTTATCCAGAGTGATGG > CP009273/294195‑294493 | cggcCTCCACGCAGCCGCCAGAGACAAAACCGCAGTAACGACCATCTTCGCGCACCACCATCTGCGCCCCGAGCGGGCGCGCCGCGCCGCCGCGTATCTCCACCAGCGTCACCAGCACCGCTCCTTTACCGGACATTAGCGCCTCTACgg > 1:641280/1‑150 (MQ=255) cTCCACGCAGCCGCCAGAGACAAAACCGCAGTAACGACCATCTTCGCGCACCACCATCTGCGCCCCGAGCGGGCGCGCCGCGCCGCCGCGTATCTCCACCAGCGTCACCAGCACCGCTCCTTTACCGGACATTAGCGCCTCTAAGGCGaa > 1:834653/1‑150 (MQ=255) tCCACGCAGCCGCCAGAGACAAAACCGCAGTAACGACCATCTTCGCGCACCACCATCTGCGCCCCGAGCGGGCGCGCCGCGCCGCCGCGTATCTCCACCAGCGTCACCAGCACCGCTCCTTTACCGGACATTAGCGCCTCTACGGCGAAg < 2:3473720/150‑1 (MQ=255) 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agagACAAAACCGCAGTAACGACCATCTTCGCGCACCACCATCTGCGCCCCGAGCGGGCGCGCCGCGCCGCCGCGTATCTCCACCAGCGTCACCAGCACCGCTCCTTTACCGGACATTAGCGCCTCTACGGCGAAGCGCAGAATGGTCCg > 2:1303159/1‑150 (MQ=255) agaCAAAACCGCAGTAACGACCATCTTCGCGCACCACCATCTGCGCCCCGAGCGGGCGCGCCGCGCCGCCGCGTATCTCCACCAGCGTCACCAGCACCGCTCCTTTACCGGACATTAGCGCCTCTACGGCGAAGCGCAGAATGGTCCggt > 2:2157327/1‑150 (MQ=255) aCAAAACCGCAGTAACGACCATCTTCGCGCACCACCATCTGCGCCCCGAGCGGGCGCGCCGCGCCGCCGCGTATCTCCACCAGCGTCACCAGCACCGCTCCTTTACCGGACATTAGCGCCTCTACGGCGAAGCGCAGAATGGTCCggtgg > 1:4525375/1‑150 (MQ=255) cAAAACCGCAGTAACGACCATCTTCGCGCACCACCATCTGCGCCCCGAGCGGGCGCGCCGCGCCGCCGCGTATCTCCACCAGCGTCACCAGCACCGCTCCTTTACCGGACATTAGCGCCTCTACGGCGAAGCGCAGAATGGTCCggtggt > 2:3611281/1‑150 (MQ=255) aaaaCCGCAGTAACGACCATCTTCGCGCACCACCATCTGCGCCCCGAGCGGGCGCGCCGCGCCGCCGCGTATCTCCACCAGCGTCACCAGCACCGCTCCTTTACCGGACATTAGCGCCTCTACGGCGAAGCGCAGAATGGTCCGGTGGTc > 2:3724497/1‑150 (MQ=255) aaaCCGCAGTAACGACCATCTTCGCGCACCACCATCTGCGCCCCGAGCGGGCGCGCCGCGCCGCCGCGTATCTCCCCCAGCGTCACCAGCACCGCTCCTTTACCGGACATTAGCGCCTCTACGGCGAAGCGCAGAATGGTCCGGTGGTCa < 1:2112457/150‑1 (MQ=255) aaaCCGCAGTAACGACCATCTTCGCGCACCACCATCTGCGCCCCGAGCGGGCGCGCCGCGCCGCCGCGTATCTCCACCAGCGTCACCAGCACCGCTCCTTTACCGGACATTAGCGCCTCTAAGGCGAAGCGCAGAATGGTCCGGTGGTCa < 1:2719818/150‑1 (MQ=255) aaCCGCAGTAACGACCATCTTCGCGCACCACCATCTGCGCCCCGAGCGGGCGCGCCGCGCCGCCGCGTATCTCCACCAGCGTCACCAGCACCGCTCCTTTACCGGACATTAGCGCCTCTAAGGCGAAGCGCAGAATGGTCCGGTGGTCAt < 2:1748842/150‑1 (MQ=255) aCCGCAGTAACGACCATCTTCGCGCACCACCATCTGCGCCCCGAGCGGGCGCGCCGCGCCGCCGCGTATCTCCACCAGCGTCACCAGCACCGCTCCTTTACCGGACATTAGCGCCTCTACGGCGAAGCGCAGAATGGTCCGGTGGTCATc < 1:3274459/150‑1 (MQ=255) cGCAGTAACGACCATCTTCGCGCACCACCATCTGCGCCCCGAGCGGGCGCGCCGCGCCGCCGCGTATCTCCACCAGCGTCACCAGCACCGCTCCTTTACCGGACATTAGCGCCTCTAAGGCGAAGCGCAGAATGGTCCGGTGGTCATCgg < 1:733692/150‑1 (MQ=255) 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ttAGCGCCTCTACGGCGAAGCGCAGAATGGTCCGGTGGTCATCGGTGAGAAACGCCTGCTCTGGCTTATGCCAGTGTTCGTCTTTGTCAAAAAGCGGGTATGACATTGTTCCTCCTTAAACCACATCCGGCAGCTTATCGAGCAGCTTAt < 1:463106/150‑1 (MQ=255) tAGCGCCTCTACGGCGAAGCGCAGAATGGTCCGGTGGTCATCGGTGAGAAACGCCTGCTCTGGCTTATGCCAGTGTTCGTCTTTGTCAAAAAGCGGGTATGACATTGTTCCTCCTTAAACCACATCCGGCAGCTTATCGAGCAGCTTATc < 2:513620/150‑1 (MQ=255) aGCGCCTCTACGGCGAAGCGCAGAATGGTCCGGTGGTCATCGGTGAGAAACGCCTGCTCTGGCTTATGCCAGTGTTCGTCTTTGTCAAAAAGCGGGTATGACATTGTTCCTCCTTAAACCACATCCGGCAGCTTATCGAGCAGCTTATcc < 1:1426570/150‑1 (MQ=255) gcgcCTCTACGGCGAAGCGCAGAATGGTCCGGTGGTCATCGGTGAGAAACGCCTGCTCTGGCTTATGCCAGTGTTCGTCTTTGTCAAAAAGCGGGTATGACATTGTTCCTCCTTAAACCACATCCGGCAGCTTATCGAGCAGCTTATCCa < 1:2440089/150‑1 (MQ=255) gcgcCTCTACGGCGAAGCGCAGAATGGTCCGGTGGTCATCGGTGAGAAACGCCTGCTCTGGCTTATGCCAGTGTTCGTCTTTGTCAAAAAGCGGGTATGACATTGTTCCTCCTTAAACCACATCCGGCAGCTTATCGAGCAGCTTATCCa < 1:3118129/150‑1 (MQ=255) 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tACGGCGAAGCGCAGAATGGTCCGGTGGTCATCGGTGAGAAACGCCTGCTCTGGCTTATGCCAGTGTTCGTCTTTGTCAAAAAGCGGGTATGACATTGTTCCTCCTTAAACCACATCCGGCAGCTTATCGAGCAGCTTATCCAGAGTGAt < 2:1377292/150‑1 (MQ=255) aCGGCGAAGCGCAGAATGGTCCGGTGGTCATCGGTGAGAAACGCCTGCTCTGGCTTATGCCAGTGTTCGTCTTTGTCAAAAAGCGGGTATGACATTGTTCCTCCTTAAACCACATCCGGCAGCTTATCGAGCAGCTTATCCAGAGTGATg > 2:4547476/1‑150 (MQ=255) | AGCGGCCTCCACGCAGCCGCCAGAGACAAAACCGCAGTAACGACCATCTTCGCGCACCACCATCTGCGCCCCGAGCGGGCGCGCCGCGCCGCCGCGTATCTCCACCAGCGTCACCAGCACCGCTCCTTTACCGGACATTAGCGCCTCTACGGCGAAGCGCAGAATGGTCCGGTGGTCATCGGTGAGAAACGCCTGCTCTGGCTTATGCCAGTGTTCGTCTTTGTCAAAAAGCGGGTATGACATTGTTCCTCCTTAAACCACATCCGGCAGCTTATCGAGCAGCTTATCCAGAGTGATGG > CP009273/294195‑294493 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |