Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 32,632 | G→T | 42.2% | V606F (GTC→TTC) | carB → | carbamoyl‑phosphate synthase large subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 32,632 | 0 | G | T | 42.2% | 313.3 / inf | 288 | V606F (GTC→TTC) | carB | carbamoyl‑phosphate synthase large subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (87/79); new base T (69/53); total (156/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
CTACCGACCGTGAAAAAATCATGGTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGCCTCTACTTCGAGCCGGTAACTCTGGAAGATGTGCTGGAAATCGTGCGTATCGAGAAGCCGAAAGGCGTTATCGTCCAGTACGGCGGTCAGACCCCGCTGAAACTGGCGCGCGCGCTGGAA > CP009273/32483‑32781 | cTACCGACCGTGAAAAAATCATGGTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCg < 1:1184963/150‑1 (MQ=255) cTACCGACCGTGAAAAAATCATGGTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCg < 1:1895206/150‑1 (MQ=255) accgaccgTGAAAAAATCATGGTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCTtc < 2:1391079/150‑1 (MQ=255) gaccgTGAAAAAATCATGGTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATNATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCTTCTcc < 1:4276579/150‑1 (MQ=255) accgTGAAAAAATCATGGTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCTTCTCCa < 2:524435/150‑1 (MQ=255) cgTGAAAAAATCATGGTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGTCTCCAcc < 1:1030465/150‑1 (MQ=255) tGAAAAAATCATGGTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCTTCTCCACCGa < 1:3781763/150‑1 (MQ=255) aaaaaaTCATGGTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCTTCTCCACCGACt > 2:2729919/1‑150 (MQ=255) aaaaTCATGGTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCTTCTCCACCGACTAc < 2:619673/150‑1 (MQ=255) aaaaTCATGGTGCTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGTCTCCACCGACTAc < 1:3474961/150‑1 (MQ=255) cTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCTTCTCCACCGACTACGACACTTCCGAc > 1:2068136/1‑150 (MQ=255) cTTGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCTTCTCCACCGACTACGACACTTCCGAc > 1:3436527/1‑150 (MQ=255) cTTGGCGGCGGCCCGAACCGAATCTGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCCTTATGGTTAACTGTAACCCGGAACCCGTCTCCACCGACTACGACACTTCCGAc > 2:3219501/1‑150 (MQ=255) ttGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCTTCTCCACCGACTACGACACTTCCGAcc < 1:439336/150‑1 (MQ=255) ttGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGTCTCCACCGACTACGACACTTCCGAcc > 2:445728/1‑150 (MQ=255) ttGGCGGCGGCCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGTCTCCACCGACTACGACACTTCCGAcc < 2:2696235/150‑1 (MQ=255) ggcggcggcCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCGTCTCCACCGACTACGACACTTCCGACCGc > 1:2220632/1‑150 (MQ=255) gcggcCCGAACCGTATCGGTCAGGGTATCGAATTCGACTACTGTTGCGTACACGCCTCGCTGGCGCTGCGCGAAGACGGTTACGAAACCATTATGGTTAACTGTAACCCGGAAACCTTCTCCACCGACTACGACTCTTCCGACCGCctct < 1:1789755/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |