| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 298,201 | C→A | 5.5% | L28L (CTG→CTT) | paoA ← | PaoABC aldehyde oxidoreductase, 2Fe‑2S subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 298,201 | 0 | C | A | 5.5% | 775.9 / 3.2 | 229 | L28L (CTG→CTT) | paoA | PaoABC aldehyde oxidoreductase, 2Fe‑2S subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (64/139); new base A (22/3); total (87/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.77e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
TATCCACCTCAAGCTGCTCGGTTTTGCCGTTCACCTTCAGTGTCAGGGGCATTATCTCTGGCGCGGGTGTAGCTGCCGGAACGCTTGCCGCCAGCGTAGAATGAGGATAAACCACGGCGGTCGCCGCTGTTGCGGCGCTCACTTTAATCAGATCGCGACGGGTCAAACTTAAATCGTGCGGCTCGTGC‑TTCCCAACCCGATTATCTTCGGGGTATTCGCCTTGGTTGCTCATACCAGGCCTCCGGTATTCTAAAGGGGAAAATAAGAGTGCGTTGCGAGAGTGCTGATGCTTTTTTAA > CP009273/298053‑298350 | tATCCACCTCAAGCTGCTCGGTTTTGCCGTTCACCTACAGTGTCAGGGGCATTATCTCTGGCGCGGGTGTAGCTGCCGGAACGCTTGCCGCCAGCGTAGAATGAGGATAAACCACGGCGGTCGCCGCTGTTGCGGCGCTCACTTTAATCa < 1:2752589/150‑1 (MQ=255)tATCCACCTCAAGCTGCTCGGTTGTGCCGTTCACCTTCAGTGTCAGGGGCATTATCTCTGGCGCGGGTGTAGCTGCCGGAACGCTTGCCGCCAGCGTAGAATGAGGATAAACCACGGCGGTCGCCGCTGTTGCGGCGCTCACTTTAATCa < 1:3482100/150‑1 (MQ=255) tCCACCTCAAGCTGCTCGGTTTTGCCGTTCACCTTCAGTGTCAGGGGCATTATCTCTGGCGCGGGTGTAGCTGCCGGAACGCTTGCCGCCAGCGTAGAATGAGGATAAACCACGGCGGTCGCCGCGGTTGGGGGGCGCACGTTAATAAGa > 1:2909355/1‑150 (MQ=255) ccACCTCAAGCTGCTCGGTTTTGCCGTTCACCTTCAGTGTCAGGGGCATTATCTCTGGCGCGGGTGTAGCTGCCGGAACGCTTGCCGCCAGCGTAGAATGAGGATAAACCACGGCGGTCGCCGCTGTTGCGGCGCTCACTTTAATCAGAt < 1:2803038/150‑1 (MQ=255) ccACCTCAAGCTGCTCGGTTTTGCCGTTCACCTTCAGTGTCAGGGGCATTATCTCTGGCGCGGGTGTAGCTGCCGGAACGCTTGCCGCCAGCGTAGAATGAGGATAAACCACGGCGGTCGCCGCTGTTGCGGCGCTCACTTTAATCAGAt < 1:3241058/150‑1 (MQ=255) ccACCTCAAGCTGCTCGGTTTTGCCGTTCACCTTCAGTGTCAGGGGCATTATCTCTGGCGCGGGTGTAGCTGCCGGAACGCTTGCCGCCAGCGTAGAATGAGGATAAACCACGGCGGTCGCCGCGGGTGGGGCGCTCAAATTAAACAAAt > 1:621637/1‑150 (MQ=255) cACCTCAAGCTGCTCGGTTTTGCCGTTCACCTTCAGTGTCAGGGGCATTATCTCTGGCGCGGGTGTAGCTGCCGGAACGCTTGCCGCCAGCGTAGAATGAGGATAAACCACGGCGGTCGCCGCTGTTGCGGCGCTCACTTTAATCAGATc < 1:4233546/150‑1 (MQ=255) aCCTCAAGCTGCTCGGTTTTGCCGTTCACCTTCAGTGTCAGGGGCATTATCTCTGGCGCGGGTGTAGCTGCCGGAACGCTTGCCGCCAGCGTAGAATGAGGATAAACCACGGCGGTCGCCGCTGTTGCGGCGCTCACTTTAATCAGATcg < 2:4259273/150‑1 (MQ=255) 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tGTTGCGGCGCTCACTTTAATCAGATCGCGACGGGTCAAACTTAAATCGTGCGGCTCGTGC‑TTCCCAACCCGATTATCTTCGGGGTATTCGCCTTGGTTGCTCATACCAGGCCTCCGGTATTCTAAAGGGGAAAATAAGAGTGCGTTGCg > 2:125837/1‑150 (MQ=255) tGTTGCGGCGCTCACTTTAATCAGATCGCGACGGGTCAAACTTAAATCGTGCGGCTCGTGC‑TTCCCAACCCGATTATCTTCGGGGTATTCGCCTTGGTTGCTCATACCAGGCCTCCGGTATTCTAAAGGGGAAAATAAGAGTGCGTTGCg < 2:4005163/150‑1 (MQ=255) gTTGCGGCGCTCACTTTAATCAGATCGCGACGGGTCAAACTTAAATCGTGCGGCTCGTGC‑TTCCCAACCCGATTATCTTCGGGGTATTCGCCTTGGTTGCTCATACCAGGCCTCCGGTATTCTAAAGGGGAAAATAAGAGTGCGTTGCga < 2:2140960/150‑1 (MQ=255) gTTGCGGCGCTCACTTTAATCAGATCGCGACGGGTCAAACTTAAATCGTGCGGCTCGTGC‑TTCCCAACCCGATTATCTTCGGGGTATTCGCCTTGGTTGCTCATACCAGGCCTCCGGTATTCTAAAGGGGAAAATAAGAGTGCGTTGCga < 1:1381750/150‑1 (MQ=255) ttGCGGCGCTCACTTTAATCAGATCGCGACGGGTCAAACTTAAATCGTGCGGCTCGTGC‑TTCCCAACCCGATTATCTTCGGGGTATTCGCCTTGGTTGCTCATACCAGGCCTCCGGTATTCTAAAGGGGAAAATAAGAGTGCGTTGCgag > 1:4616347/1‑150 (MQ=255) ttGCGGCGCTCACTTTAATCAGATCGCGACGGGTCAAACTTAAATCGTGCGGCTCGTGC‑TTCCCAACCCGATTATCTTCGGGGTATTCGCCTTGGTTGCTCATACCAGGCCTCCGGTATTCTAAAGGGGAAAATAAGAGTGCGTTGCgag > 2:616605/1‑150 (MQ=255) tGCGGCGCTCACTTTAATCAGATCGCGACGGGTCAAACTTAAATCGTGCGGCTCGTGC‑TTCCCAACCCGATTATCTTCGGGGTATTCGCCTTGGTTGCTCATACCAGGCCTCCGGTATTCTAAAGGGGAAAATAAGAGTGCGTTGCgaga < 2:3513033/150‑1 (MQ=255) cggcgCTCACTTTAATCAGATCGCGACGGGTCAAACTTAAATCGTGCGGCTCGTGC‑TTCCCAACCCGATTATCTTCGGGGTATTCGCCTTGGTTGCTCATACCAGGCCTCCGGTATTCTAAAGGGGAAAATAAGAGTGCGTTGCGAGAGt > 1:3408160/1‑150 (MQ=255) cggcgCTCACTTTAATCAGATCGCGACGGGTCAAACTTAAATCGTGCGGCTCGTGC‑TTCCCAACCCGATTATCTTCGGGGTATTCGCCTTGGTTGCTCATACCAGGCCTCCGGTATTCTAAAGGGGAAAATAAGAGTGCGTTGCGAGAGt < 2:1627376/150‑1 (MQ=255) ggcgCTCACTTTAATCAGATCGCGACGGGTCAAACTTAAATCGTGCGGCTCGTGC‑TTCCCAACCCGATTATCTTCGGGGTATTCGCCTTGGTTGCTCATACCAGGCCTCCGGTATTCTAAAGGGGAAAATAAGAGTGCGTTGCGAGAGTg < 1:2495203/150‑1 (MQ=255) cgcTCACTTTAATCAGATCGCGACGGGTCAAACTTAAATCGTGCGGCTCGTGC‑TTCCCAACCCGATTATCTTCGGGGTATTCGCCTTGGTTGCTCATACCAGGCCTCCGGTATTCTAAAGGGGAAAATAAGAGTGCGTTGCGAGAGTGCt < 1:1137664/150‑1 (MQ=255) gcTCACTTTAATCAGATCGCGACGGGTCAAACTTAAATCGTGCGGCTCGTGC‑TTCCCAACCCGATTATCTTCGGGGTATTCGCCTTGGTTGCTCATACCAGGCCTCCGGTATTCTAAAGTGGAAAATAAGAGTGCGTTGCGAGAGTGCTg < 1:2290859/150‑1 (MQ=255) cTCACTTTAATCAGATCGCGACGGGTCAATCTTAAATCGTGCGGCTCGTGC‑TTCCCAACCCGATTATCTTCGGGGTATTCGCCTTGGTTGCTCATACCAGGCCTCCGGTATTCTAAGGGGGAAAATAAGAGTGCGTTGCGAGAGTGCTGa > 1:830764/1‑150 (MQ=255) cTCACTTTAATCAGATCGCGACGGGTCAAACTTAAATCGTGCGGCTCGTGC‑TTCCCAACCCGATTATCTTCGGGGTATTCGCCTTGGTTGCTCATACCAGGCCTCCGGTATTCTAAAGGGGAAAATAAGAGTGCGTTGCGAGAGTGCTGa < 1:3793295/150‑1 (MQ=255) tCACTTTAATCAGATCGCGACGGGTCAAACTTAAATCGTGCGGCTCGTGC‑TTCCCAACCCGATTATCTTCGGGGTATTCGCCTTGGTTGCTCATACCAGGCCTCCGGTATTCTAAAGGGGAAAATAAGAGTGCGTTGCGAGAGTGCTGAt > 1:4333019/1‑150 (MQ=255) 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tAATCAGATCGCGACGGGTCAAACTTAAATCGTGCGGCTCGTGC‑TTCCCAACCCGATTATCTTCGGGGTATTCGCCTTGGTTGCTCATACCAGGCCTCCGGTATTCTAAAGGGGAAAATAAGAGTGCGTTGCGAGAGTGCTGATGCtttt < 2:526721/150‑1 (MQ=255) tCAGATCGCGACGGGTCAAACTTAAATCGTGCGGCTCGTGC‑TTCCCAACGCGTTTATCTTCGGGGTTTTCGCATTGGTTGCTCATACCAGGCATCCGGTATTCTAAATGGGAAAATAAGAGTGCGTTGCGAGAGTGCTGATGCttttttt < 2:20597/150‑2 (MQ=255) | TATCCACCTCAAGCTGCTCGGTTTTGCCGTTCACCTTCAGTGTCAGGGGCATTATCTCTGGCGCGGGTGTAGCTGCCGGAACGCTTGCCGCCAGCGTAGAATGAGGATAAACCACGGCGGTCGCCGCTGTTGCGGCGCTCACTTTAATCAGATCGCGACGGGTCAAACTTAAATCGTGCGGCTCGTGC‑TTCCCAACCCGATTATCTTCGGGGTATTCGCCTTGGTTGCTCATACCAGGCCTCCGGTATTCTAAAGGGGAAAATAAGAGTGCGTTGCGAGAGTGCTGATGCTTTTTTAA > CP009273/298053‑298350 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |