Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,612,708 | C→A | 42.6% | L53I (CTC→ATC) | rhsB → | Rhs family putative polymorphic toxin, putative neighboring cell growth inhibitor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,612,708 | 0 | C | A | 42.6% | 120.4 / 156.2 | 130 | L53I (CTC→ATC) | rhsB | Rhs family putative polymorphic toxin, putative neighboring cell growth inhibitor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/44); new base A (30/25); total (61/69) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.53e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
AAAACCGGCGGCGCGTCAGGGTGACATGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTTCAGGGTTCAGCCGGGGTACGTATTGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGAGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCCCTGCTCGGTGCAAAGGTCCTTCCCGGTGAAACCGACATCGCCCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATCCTCTCCCGCAC > CP009273/3612560‑3612781 | aaaaCCGGCGGCGCGTCAGGGTGACATGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTTCAGGGTTCAGCCGGGGTACGTATTGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGAGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCCCTGCt > 1:4369944/1‑150 (MQ=39) aaaCCGGCGGCGCGTCTGGGTGACATGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTTCAGGGTTCAGCCGGGGTACGTATTGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGAGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCCCTGCTc < 2:1881565/150‑1 (MQ=255) aaaCCGGCGGCGCGTCAGGGTGACATGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTTCAGGGTTCAGCCGGGGTACGTATTGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGAGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCCCTGCTc < 1:3997538/150‑1 (MQ=39) aaaCCGGCGGCGCGTCAGGGTGACATGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTTCAGGGTTCAGCCGGGGTACGTATTGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGAGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCCCTGCTc > 2:1922564/1‑150 (MQ=39) 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aaCCGGCGGCGCGTCAGGGTGACATGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTTCAGGGTTCAGCCGGGGTACGTATTGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGAGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCCCTGATCg < 1:4322369/150‑1 (MQ=255) aCCGGCGGCGCGTCAGGGTGACATGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTTCAGGGTTCAGCCGGGGTACGTATTGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGAGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCCCTGCTCgg < 1:560603/150‑1 (MQ=39) ccGGCGGCGCGTCAGGGTGACATGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTTCAGGGTTCAGCCGGGGTACGTATTGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGAGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCCCTGATCGGt < 2:1189847/150‑1 (MQ=255) ccGGCGGCGCGTCAGGGTGACATGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTTCAGGGTTCAGCCGGGGTACGTATAGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTACGGTGTGCCCCGGCGGAGTGACGTCCGGCCATACGGTCAATCCCCTGATCGGt > 1:3477670/1‑150 (MQ=255) ggcggcGCGTCAGGGTGACATGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTTCAGGGTTCAGCCGGGGTACGTATTGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGAGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCCCTGATCGGTGc > 1:2215893/1‑150 (MQ=255) 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tATTGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCGGTTCGGTGTGCCCCGGCGGAGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCCCTGCTCGGTGCAAAGGTCCTTCCCGGTGAAACCGACATCGCCCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATCCTCTCCCGCAc > 1:11080/1‑150 (MQ=11) | AAAACCGGCGGCGCGTCAGGGTGACATGACGCAGTATGGCGGTAGCATTGTTCAGGGTTCAGCCGGGGTACGTATTGGTGCCCCCACCGGCGTGGCCTGTTCGGTGTGCCCCGGCGGAGTGACGTCCGGCCATCCGGTCAATCCCCTGCTCGGTGCAAAGGTCCTTCCCGGTGAAACCGACATCGCCCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATCCTCTCCCGCAC > CP009273/3612560‑3612781 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |